Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,668,357 | A→C | 5.7% | E742D (GAA→GAC) | nuoG → | NADH‑quinone oxidoreductase subunit G |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,668,357 | 0 | A | C | 5.7% | 1033.3 / 4.7 | 371 | E742D (GAA→GAC) | nuoG | NADH‑quinone oxidoreductase subunit G |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (141/195); new base C (2/31); total (145/226) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.78e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 381 total aligned reads displayed.
ATCAAGGGCATGAAGCTGGCCCGTGAGCCGCTGCGCTACTCCGGCCGTACCGCCATGCGTGCCAACATCAGTGTGCACGAGCCGCGCACCCCGCAAGACAAGGACACCGCGTTCGCCTTCTCCATGGAAGGCTACTCGGGTTCGGCCGAACCGCGCCAGCAGGTGCCATTCGCCTGGTCGCCGGGCTGGAACTCCCCACAAGCCTGGAACAAGTTTCAGGACGAGGTCGGTGGCCACCTGCGTGCCGGTGACCCAGGCGTACGCCTGATCGAATCGCAAGGCGACCGCCTGAACTGGTT > NC_002947/4668208‑4668506 | aTCAAGGGCATGAAGCTGGCCCGTGAGCCGCTGCGCTACTCCGGCCGTACCGCCATGCGTGCCAACATCAGTGTGCACGAGCCGCGCACCCCGCAAGACAAGGACACCGCGTTCGCCTTCTCCATGGAAGGCTACTCGGGTTCGGCCGaa < 1:3099312/150‑1 (MQ=255) tCAAGGGCATGAAGCTGGCCCGTGAGCCGCTGCGCTACTCCGGCCGTACCGCCATGCGTGCCAACATCAGTGTGCACGAGCCGCGCACCCCGCAAGACAAGGACACCGCGTTCGCCTTCTCCATGGAAGGCTACTCGGGTTCGGCCGAAc < 1:4503494/150‑1 (MQ=255) aaGGGCATGAAGCTGGCCCGTGAGCCGCTGCGCTACTCCGGCCGTACCGCCATGCGTGCCAACATCAGTGTGCACGAGCCGCGCACCCCGCAAGACAAGGACACCGCGTTCGCCTTCTCCATGGACGGCTACTCGGGTTCGGCCGAACcg > 1:5233384/1‑150 (MQ=255) 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aGCCGCTGCGCTACTCCGGCCGTACCGCCATGCGTGCCAACATCCGTGTGCACGAGCCGCGCACCCCGCAAGACAAGGACACCGCGTTCGCCTTCTCCATGGACGGCTACTGGGGTTGGGCCGAACCGCGCCAGCAGGTGCCATTCGCCt < 2:5466132/150‑1 (MQ=255) cGCTGCGCTACTCCGGCCGTACCGCCATGCGTGCCAACATCAGTGTGCACGAGCCGCGCACCCCGCAAGACAAGGACACCGCGTTCGCCTTCTCCCTGGACGGCTCCTCGGGTTCGGCCGAACCGCGCCCGCAGGTGCCATTCGCCTGGt > 2:1199774/1‑150 (MQ=255) tGCGCTACTCCGGCCGTACCGCCATGCGTGCCAACATCAGTGTGCACGAGCCGCGCACCCCGCAAGACAAGGACACCGCGTTCGCCTTCTCCATGGACGGCTACTCGGGTTCGGCCGATCCGCGCCAGCAGGTGCCATTCGCCTGGTCGc > 2:5119401/1‑150 (MQ=255) tGCGCTACTCCGGCCGTACCGCCATGCGTGCCAACATCAGTGTGCACGAGCCGCGCACCCCGCAAGACAAGGACACCGCGTTCGCCTTCTCCATGGAAGGCTACTCGGGTTCGGCCGAACCGCGCCAGCAGGTGCCATTCGCCTGGTCGc > 2:3993728/1‑150 (MQ=255) tGCGCTACTCCGGCCGGACCGCCATGCGTGCCAACTTCAGTGTGCACGCGCCGCGCACCCCGCAAGACAAGGACACGGCGTTCGCCTTCTCCATGGAAGGCTACTCGGGTTCGGCCGACCCGCGCCAGCAGGTGCCATTCGCCTGGTCGc < 1:5918548/150‑1 (MQ=255) 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tCGGGTTCGGCCGAACCGCGCCAGCAGGTGCCATTCGCCTGGTCGCCGGGCTGGAACTCCCCACAAGCCTGGAACAAGTTTCAGGACGAGGTCGGTGGCCACCTGCGTGCCGGTGACCCAGGCGTACGCCTGATCGAATCGCAAGGCGAc > 1:8244828/1‑150 (MQ=255) tCGGGTTCGGCCGAACCGCGCCAGCAGGTGCCATTCGCCTGGTCGCCGGGCTGGAACTCCCCACAAGCCTGGAACAAGTTTCAGGACGAGGTCGGTGGCCACCTGCGTGCCGGTGACCCAGGCGTACGCCTGATCGAATCGCAAGGCGAc > 1:7537913/1‑150 (MQ=255) cGGGTTCGGCCGAACCGCGCCAGCAGGTGCCATTCGCCTGGTCGCCGGGCTGGAACTCCCCACAAGCCTGGAACAAGTTTCAGGACGAGGTCGGTGGCCACCTGCGTGCCGGTGACCCAGGCGTACGCCTGATCGAATCGCAAGGCGAcc < 1:4339075/150‑1 (MQ=255) ggTTCGGCCGAACCGCGCCAGCAGGTGCCATTCGCCTGGTCGCCGGGCTGGAACTCCCCACAAGCCTGGAACAAGTTTCAGGACGAGGTCGGTGGCCACCTGCGTGCCGGTGACCCAGGCGTACGCCTGATCGAATCGCAAGGCGACCGc > 2:8773591/1‑150 (MQ=255) ttgggCCGACCCGCGCCAGCAGGTGCCATTCGCCTGGTCGCCGGGCTGGAACTCCCCACAAGCCTGGAACAAGTTTCAGGACGAGGTCGGTGGCCACCTGCGTGCCGGTGACCCAGGCGTACGCCTGATCGAATCGCAAGGCGACCGCCt < 1:3591450/147‑1 (MQ=255) tCGGCCGAACCGCGCCAGCAGGTGCCATTCGCCTGGTCGCCGGGCTGGAACTCCCCACAAGCCTGGAACAAGTTTCAGGACGAGGTCGGTGGCCACCTGCGTGCCGGTGACCCAGGCGTACGCCTGATCGAATCGCAAGGCGACCGCCTg > 1:2549853/1‑150 (MQ=255) ggCCGAACCGCGCCAGCAGGTGCCATTCGCCTGGTCGCCGGGCTGGAACTCCCCACAAGCCTGGAACAAGTTTCAGGACGAGGTCGGTGGCCACCTGCGTGCCGGTGACCCAGGCGTACGCCTGATCGAATCGCAAGGCGACCGCCTGaa < 1:8018547/150‑1 (MQ=255) gCCGAACCGCGCCAGCAGGTGCCATTCGCCTGGTCGCCGGGCTGGAACTCCCCACAAGCCTGGAACAAGTTTCAGGACGAGGTCGGTGGCCACCTGCGTGCCGGTGACCCAGGCGTACGCCTGATCGAATCGCAAGGCGACCGCCTGAAc < 2:4974462/150‑1 (MQ=255) gCCGAACCGCGCCAGCAGGTGCCATTCGCCTGGTCGCCGGGCTGGAACTCCCCACAAGCCTGGAACAAGTTTCAGGACGAGGTCGGTGGCCACCTGCGTGCCGGTGACCCAGGCGTACGCCTGATCGAATCGCAAGGCGACCGCCTGAAc < 2:4322321/150‑1 (MQ=255) cGACCCGCGCCAGCAGGTGCCATTCGCCTGGTCGCCGGGCTGGAACTCCCCACAAGCCTGGAACAAGTTTCAGGACGAGGTCGGTGGCCACCTGCGTGCCGGTGACCCAGGCGTACGCCTGATCGAATCGCAAGGCGACCGCCTGAACTg < 1:7644820/150‑1 (MQ=255) aaCCGCGCCAGCAGGTGCCATTCGCCTGGTCGCCGGGCTGGAACTCCCCACAAGCCTGGAACAAGTTTCAGGACGAGGTCGGTGGCCACCTGCGTGCCGGTGACCCAGGCGTACGCCTGATCGAATCGCAAGGCGACCGCCTGAACTGGt < 1:6424229/150‑1 (MQ=255) aaCCGCGCCAGCAGGTGCCATTCGCCTGGTCGCCGGGCTGGAACTCCCCACAAGCCTGGAACAAGTTTCAGGACGAGGTCGGTGGCCACCTGCGTGCCGGTGACCCAGGCGTACGCCTGATCGAATCGCAAGGCGACCGCCTGAACTGGt > 1:3944563/1‑150 (MQ=255) | ATCAAGGGCATGAAGCTGGCCCGTGAGCCGCTGCGCTACTCCGGCCGTACCGCCATGCGTGCCAACATCAGTGTGCACGAGCCGCGCACCCCGCAAGACAAGGACACCGCGTTCGCCTTCTCCATGGAAGGCTACTCGGGTTCGGCCGAACCGCGCCAGCAGGTGCCATTCGCCTGGTCGCCGGGCTGGAACTCCCCACAAGCCTGGAACAAGTTTCAGGACGAGGTCGGTGGCCACCTGCGTGCCGGTGACCCAGGCGTACGCCTGATCGAATCGCAAGGCGACCGCCTGAACTGGTT > NC_002947/4668208‑4668506 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |