| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,680,337 | T→C | 5.4% | intergenic (+41/+63) | PP_4137 → / ← chrR | outer membrane siderophore receptor/chromate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,680,337 | 0 | T | C | 5.4% | 572.5 / 13.7 | 186 | intergenic (+41/+63) | PP_4137/chrR | outer membrane siderophore receptor/chromate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/126); new base C (5/5); total (52/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.22e-01 | |||||||||||
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
GCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGT‑C‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCG‑CGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACA‑GGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGAGCTTG > NC_002947/4680189‑4680484 | cAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGT‑C‑ATTGAATTTGc < 2:2064108/150‑1 (MQ=255) aGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCTC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGT‑C‑ATTGAATTTGcc < 2:5373173/150‑1 (MQ=255) gACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGT‑C‑ATTGAATTTGCCGAc < 1:3421818/150‑1 (MQ=255) 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ccGCGAATGCGT‑C‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCG‑CGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACA‑GGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTcg > 1:8113702/1‑150 (MQ=255) ccGCGAATGCGT‑C‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCG‑CGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACA‑GGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTcg > 2:6162921/1‑150 (MQ=255) ccGCGAATGCGT‑C‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCG‑CGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACA‑GGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTcg > 1:4983825/1‑150 (MQ=255) ccGCGAATGCGT‑C‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCG‑CGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACA‑GGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTcg > 2:1747664/1‑150 (MQ=255) ccGCGAATGCGT‑C‑AGTGAATTTGCCGACGCAGTCG‑CGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACA‑GGGGCGATGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGCACGGTcg > 2:5759685/1‑150 (MQ=255) 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c‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCG‑CGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACA‑GGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCAtt < 2:5752154/150‑1 (MQ=255) ttGAATTTGCCGACGCATTCG‑CGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACA‑GGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGa > 2:4672283/1‑150 (MQ=255) ttGAATTTGCCGACGCATTCG‑CGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACA‑GGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGa > 1:4104052/1‑150 (MQ=255) tattttGCCGACGCATTCG‑CGGTTAAA‑CCCGCTCCTACACA‑GGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGAGc < 1:6714004/147‑1 (MQ=255) gAATTTGCCGACGCATTCG‑CGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACA‑GGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGAGc > 1:2939751/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |