Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,680,340 | C→T | 5.5% | intergenic (+44/+60) | PP_4137 → / ← chrR | outer membrane siderophore receptor/chromate reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,680,340 | 0 | C | T | 5.5% | 548.2 / 14.6 | 182 | intergenic (+44/+60) | PP_4137/chrR | outer membrane siderophore receptor/chromate reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/124); new base T (5/5); total (52/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.03e-01 |
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
AGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGTC‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACA‑GGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGAGCTTGCCCGA > NC_002947/4680191‑4680489 | aGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGTC‑ATTGAATTTGcc < 2:1663974/150‑1 (MQ=255) gACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGTC‑ATTGAATTTGCCGAc < 1:4201108/150‑1 (MQ=255) gACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGTC‑ATTGAATTTGCCGAc < 1:3421818/150‑1 (MQ=255) 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ccGCGAATGCGTC‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACA‑GGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTcg > 1:4983825/1‑150 (MQ=255) ccGCGAATGCGTC‑AGTGAATTTGCCGACGCAGTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACA‑GGGGCGATGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGCACGGTcg > 2:5759685/1‑150 (MQ=255) cgcgAATGCGTC‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACA‑GGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAATGGTcgc < 2:8751894/150‑1 (MQ=255) cgcgAATGCGTC‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACA‑GGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTcgc < 1:893816/150‑1 (MQ=255) cgcgAATGCGTC‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACA‑GGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTcgc < 2:68523/150‑1 (MQ=255) 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ttGAATTTGCCGACGCATTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACA‑GGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGa > 1:3789830/1‑150 (MQ=255) ttGAATTTGCCGACGCATTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACA‑GGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGa > 2:6028113/1‑150 (MQ=255) ttGAATTTGCCGACGCATTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACA‑GGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGa > 2:4672283/1‑150 (MQ=255) gAATTTGCCGACGCATTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACA‑GGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGAGc > 1:2939751/1‑150 (MQ=255) gAATTTGCCGACGCATTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACA‑GGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGAGc < 1:6939526/150‑1 (MQ=255) cGACGCATTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACA‑GGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGAGCTTGCCCGa > 1:7340626/1‑150 (MQ=255) | AGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGTC‑ATTGAATTTGCCGACGCATTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACA‑GGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTCGACAAACGCCTGCAAGAACGGTCGCGTCTTGTCATTGAGCTTGCCCGA > NC_002947/4680191‑4680489 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |