Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,721,643 | G→C | 5.1% | V627L (GTG→CTG) | PP_4173 → | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,721,643 | 0 | G | C | 5.1% | 1107.8 / 33.2 | 325 | V627L (GTG→CTG) | PP_4173 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (127/181); new base C (6/11); total (133/192) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
CCCGACGCATCCGCCAGTTGCCCAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGACCTGAAAATAGACGTTTCAGTGCACACCTGTACTTCTTTCGCCAGGTGCGCTGTGA > NC_002947/4721494‑4721792 | ccGACGCATCCGCCAGTTGCCCAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGt > 1:3792755/1‑150 (MQ=255) gCATCCGCCAGTTGCCCAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGtgctgc > 2:778907/1‑150 (MQ=255) ccGCCAGTTGCCCAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCACACCGAATTGCAGCACCTGCTGCaatt < 1:4641406/150‑4 (MQ=255) cGCCAGTTGCCCAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCACCTGCTGCaattc < 2:6158337/150‑5 (MQ=255) gCCAGTTGCCCAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCt < 2:8457272/150‑1 (MQ=255) gCCAGTTGCCCAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCt > 1:4793138/1‑150 (MQ=255) ccAGTTGCCCAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTg < 2:5693263/150‑1 (MQ=255) cAGTTGCCCAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTgg < 2:2296351/150‑1 (MQ=255) aGTTGCCCAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGt < 2:5130162/150‑1 (MQ=255) gTTGCCCAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGtt < 1:3699901/150‑1 (MQ=255) ttGCCCAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTa > 2:2884551/1‑150 (MQ=255) tGCCCAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTAc < 1:7217878/150‑1 (MQ=255) cccAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTAccc > 2:5384159/1‑150 (MQ=255) cccAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTAccc > 1:2286993/1‑150 (MQ=255) ccAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCg < 2:5816529/150‑1 (MQ=255) cAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCgg > 2:5033508/1‑150 (MQ=255) cAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCgg > 1:4354596/1‑150 (MQ=255) cGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCa < 1:8639719/150‑1 (MQ=255) gcgcCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGa < 1:7317624/150‑1 (MQ=255) cgcCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGAc > 2:5180732/1‑150 (MQ=255) ccGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACaa < 1:7480265/150‑1 (MQ=255) cGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAAc > 2:2431516/1‑150 (MQ=255) tACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGACTTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGa > 2:4779086/1‑150 (MQ=255) tACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGa > 2:4920677/1‑150 (MQ=255) tACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGa < 1:3331290/150‑1 (MQ=255) cGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTg > 2:6810953/1‑150 (MQ=255) gATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTgg < 2:7329723/150‑1 (MQ=255) gATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTgg < 2:2643050/150‑1 (MQ=255) gATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTgg < 2:8081466/150‑1 (MQ=255) gATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTgg < 1:516752/150‑1 (MQ=255) gATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTgg < 2:5618703/150‑1 (MQ=255) atcatcGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGc < 1:8171846/150‑1 (MQ=255) tcatcGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCg < 2:5860842/150‑1 (MQ=255) catcGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGa > 2:8345153/1‑150 (MQ=255) gCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATaaa < 2:6425618/150‑1 (MQ=255) ccTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATg > 1:4886426/1‑150 (MQ=255) tGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCt > 2:1406889/1‑150 (MQ=255) gACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTa < 1:395379/150‑1 (MQ=255) ccGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTaaa < 1:107845/150‑1 (MQ=255) ccGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTaaa < 1:1556366/150‑1 (MQ=255) ccGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTaaa > 1:6912865/1‑150 (MQ=255) gCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGt > 1:4564444/1‑150 (MQ=255) cAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTgg < 1:5914421/132‑1 (MQ=255) cAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTgt > 1:1373088/1‑149 (MQ=255) aaCGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCg > 2:828496/1‑150 (MQ=255) aCGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCgg < 2:4358533/150‑1 (MQ=255) ttGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTc > 2:4547096/1‑150 (MQ=255) gtGCAGGGCGACCGCGAACGGTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTc < 1:858405/149‑1 (MQ=255) 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gccgcACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGACCTGAAAATAGACGTTTCAGTGCACACCTGTActtc > 1:778356/1‑150 (MQ=255) cgcACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGACCTGAAAATAGACGTTTCAGTGCACACCTGTActtctt > 2:2101213/1‑150 (MQ=255) cACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGACCTGAAAATAGACGTTTCAGTGCACACCTGTACTTCTTTc < 1:7558357/150‑1 (MQ=255) cACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGACCTGAAAATAGACGTTTCAGTGCACACCTGTACTTCTTTc < 1:5806726/150‑1 (MQ=255) ccGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGACCTGAAAATAGACGTTTCAGTGCACACCTGTACTTCTTTCGc < 1:8443387/150‑1 (MQ=255) 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gTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGACCTGAAAATAGACGTTTCAGTGCACACCTGTACTTCTTTCGCCAGGTGCGCTGTGa < 1:2884551/150‑1 (MQ=255) gTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGACCTGAAAATAGACGTTTCAGTGCACACCTGTACTTCTTTCGCCAGGTGCGCTGTGa > 1:3420285/1‑150 (MQ=255) | CCCGACGCATCCGCCAGTTGCCCAACGGCGCCGGGCTACCGATCATCGCCCTGACCGCCAACGCGTTGCAGGGCGACCGCGAACGTTGCATGGCCGCCGGTATGGACGATTACCTGAGCAAACCCTTGCGCCGCACCGAATTGCAGCAGGTGCTGCAGCGCTGGTTACCCGGTCAGACAACCGCGACTGGCGATAAATGCTAAAGTGCGGCAGTCTTAAACACTGGACAGGACCTTCATCGGACCTGAAAATAGACGTTTCAGTGCACACCTGTACTTCTTTCGCCAGGTGCGCTGTGA > NC_002947/4721494‑4721792 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |