Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,733,503 | G→C | 5.6% | F54L (TTC→TTG) | sucD ← | succinyl‑CoA synthetase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,733,503 | 0 | G | C | 5.6% | 1196.9 / 43.4 | 354 | F54L (TTC→TTG) | sucD | succinyl‑CoA synthetase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (162/172); new base C (6/14); total (168/186) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 |
Only 100 of 366 total aligned reads displayed.
TCCAGGGTAGGAATGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTACGCCGCCGACCATCTTGGTGCCGTAGGCAATGGCCTGTTCGGAGTGGAAAGTACCCTGCGAGCCGGTGAAGCCCTGGCAGATGACTTTGGTATCTTTATTGAT > NC_002947/4733354‑4733652 | tCCAGGGTAGGAATGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTg > 1:3371367/1‑150 (MQ=255) cAGGGTAGGAATGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGaa > 2:3316205/1‑150 (MQ=255) cAGGGTAGGAATGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGaa > 2:2905600/1‑150 (MQ=255) cAGGGTAGGAATGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGaa < 1:7624473/150‑1 (MQ=255) aaTGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGCCGGTGTTCAACACCGTCaa < 2:2066596/150‑2 (MQ=255) aTGCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAgg > 1:650688/1‑150 (MQ=255) gCCTTCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGCCGGTGTTCAACACCGTCaagga < 2:4141743/150‑5 (MQ=255) ttCGGTGATGCAGACGATCAGCTTGATGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAg > 1:928733/1‑150 (MQ=255) 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tGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGCCGGTGTTCAACACCGTCaa < 1:8253900/118‑2 (MQ=255) tGCCGCCAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTgggg < 2:1068296/150‑1 (MQ=255) gccAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTAc > 1:7134798/1‑150 (MQ=255) ccAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAACACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTAcg > 1:772639/1‑150 (MQ=255) cAAAGGCAGCTTCCAGGATCGAGTCTTTGCAGAACGGAGCCGGTACGTAGATGACCGAAGCGTCAGCGCCGGTCGCTTCCACGGCTTCCTTGACGGTGTTGAATACCGGCAGGCCCAGGTGGGTGGTGCCACCCTTGCCTGGGGTTAcgc < 2:2742900/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |