| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 359,684 | G→A | 5.6% | intergenic (+41/+79) | gbdR → / ← PP_0299 | AraC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 359,684 | 0 | G | A | 5.6% | 1091.2 / 32.1 | 340 | intergenic (+41/+79) | gbdR/PP_0299 | AraC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (119/201); new base A (7/12); total (126/214) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 349 total aligned reads displayed.
GCCATGATGCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCA > NC_002947/359536‑359833 | ccATGATGCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTc > 1:4248166/1‑150 (MQ=255) tgatgCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCAcc > 2:4264264/1‑150 (MQ=255) gatgCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCAccc < 1:8757894/150‑1 (MQ=255) atgCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCg > 1:1883948/1‑150 (MQ=255) atgCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCCCCCACAGATCAccgc < 2:7404531/150‑3 (MQ=255) gCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCCGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCt > 2:8800268/1‑150 (MQ=255) gCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCt < 2:5247410/150‑1 (MQ=255) cGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGa < 2:7228942/150‑1 (MQ=255) cGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGa < 2:6022109/150‑1 (MQ=255) tCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCtt < 2:2669/150‑1 (MQ=255) ccGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTggctcaa < 2:6519395/150‑7 (MQ=255) cGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGa < 1:6686996/150‑1 (MQ=255) cGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGa > 2:4828460/1‑150 (MQ=255) cGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGa < 1:2732521/150‑1 (MQ=255) aTGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGa < 1:7053821/142‑1 (MQ=255) aTGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑gg > 1:7366790/1‑150 (MQ=255) aCCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGa > 2:6342348/1‑150 (MQ=255) aCCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGa > 2:2368138/1‑150 (MQ=255) 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ggCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGt > 2:7649262/1‑150 (MQ=255) ggCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGACAAGCCCGCCCCCACAGATCA‑CCGCTG‑GCTCAAGCTCAGCGGGTGACCTGTGGGAGCGGGCGTgc < 1:5314609/150‑2 (MQ=17) gCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCCCCCACAGATCA‑CCGCTG‑GCTCAAGCTCAGCGGGTGACCTGTGGGAGCGGGCGTgcc < 2:16356/150‑3 (MQ=18) cGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTcc > 2:7127605/1‑150 (MQ=255) aTGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCcgc > 1:3900807/1‑150 (MQ=255) 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ccTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGc > 2:3849497/1‑150 (MQ=255) tGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCg < 1:2093667/150‑1 (MQ=255) tGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCg < 2:7483595/150‑1 (MQ=255) cAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCt > 1:745929/1‑150 (MQ=255) aGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTg > 1:798603/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) | GCCATGATGCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGCCAGTGTAAGGCTCTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGC‑CAGC‑GGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCTTGTCGATGGCCTGGCGTACTGCCGGCA > NC_002947/359536‑359833 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |