| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,979,975 | T→A | 5.3% | N208I (AAC→ATC) ‡ | flgK ← | flagellar hook‑associated protein FlgK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,979,975 | 0 | T | A | 5.3% | 1419.3 / 39.3 | 422 | N208I (AAC→ATC) ‡ | flgK | flagellar hook‑associated protein FlgK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (207/189); new base A (6/17); total (216/206) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 438 total aligned reads displayed.
TGATGCGCAGGGCAACCTGGCTCTTGTCGGCCACACCCGGCTCCACCGACAAGGTGTTGGCCTTGGTTCCGGTGACCAGCGATTGGCCACTGCCCAGATACACGTCGTAGTTGCCATCACGCTCCTGCACCGTCACCCCTACCAGCTCGTTGAGCTGGCGCACGGCTTCGCTGCGCGCATCCAGCAGGCTGTTGGGGGTGTTGCCGGAGGCGCTGGCCGCGGTGATCTGCTTGTTGTACTCGGCAATGTTGGCTGTGAGCTTGTTCACCTGGCCGGCCATGGTGTCGAGCTGGGAGTTG > NC_002947/4979826‑4980124 | gATGCGCAGGGCAACCTGGCTCTTGTCGGCCACACCCGGCTCCACCGACAAGGTGTTGGCCTTGGTTCCGGTGACCAGCGATTGGCCACTGCCCAGATACACGTCGTAGTTGCCATCACGCTCCTGCACCGTCACCCCTACCAGCTCGtt < 2:3517024/150‑1 (MQ=255) tGCGCAGGGCAACCTGGCTCTTGTCGGCCACACCCGGCTCCACCGACAAGGTGTTGGCCTTGGTTCCGGTGACCAGCGATTGGCCACTGCCCAGATACACGTCGTAGTTGCCATCACGCTCCTGCACCGTCACCCCTACCAGCTCGTTGa < 1:8034171/150‑1 (MQ=255) tGCGCAGGGCAACCTGGCTCTTGTCGGCCACACCCGGCTCCACCGACAAGGTGTTGGCCTTGGTTCCGGTGACCAGCGATTGGCCACTGCCCAGATACACGTCGTAGTTGCCATCACGCTCCTGCACCGTCACCCCTACCAGCTCGTTGa < 2:8481358/150‑1 (MQ=255) tGCGCAGGGCAACCTGGCTCTTGTCGGCCACACCCGGCTCCACCGACAAGGTGTTGGCCTTGGTTCCGGTGACCAGCGATTGGCCACTGCCCAGATACACGTCGTAGTTGCCATCACGCTCCTGCACCGTCACCCCTACCAGCTCGTTGa < 1:8803189/150‑1 (MQ=255) tGCGCAGGGCAACCTGGCTCTTGTCGGCCACACCCGGCTCCACCGACAAGGTGTTGGCCTTGGTTCCGGTGACCAGCGATTGGCCACTGCCCAGATACACGTCGTAGTTGCCATCACGCTCCTGCACCGTCACCCCTACCAGCTCGTTGa < 1:5788930/150‑1 (MQ=255) aGGGCAACCTGGCTCTTGTCGGCCACACCCGGCTCCACCGACAAGGTGTTGGCCTTGGTTCCGGTGACCAGCGATTGGCCACTGCCCAGATACACGTCGTAGTTGCCATCACGCTCCTGCACCGTCACCCCTACCAGCTCGTTGAGCTgg < 2:6308859/150‑1 (MQ=255) aGGGCAACCTGGCTCTTGTCGGCCACACCCGGCTCCACCGACAAGGTGTTGGCCTTGGTTCCGGTGACCAGCGATTGGCCACTGCCCAGATACACGTCGTAGTTGCCATCACGCTCCTGCACCGTCACCCCTACCAGCTCAACGAGCTgg < 2:1980690/150‑1 (MQ=255) gggCAACCTGGCTCTTGTCGGCCACACCCGGCTCCACCGACAAGGTGTTGGCCTTGGTTCCGGTGACCAGCGATTGGCCACTGCCCAGATACACGTCGTAGTTGCCATCACGCTCCTGCACCGTCACCCCTACCAGCTCGTTGAGCTGgc < 1:8663892/150‑1 (MQ=255) ggCAACCTGGCTCTTGTCGGCCACACCCGGCTCCACCGACAAGGTGTTGGCCTTGGTTCCGGTGACCAGCGATTGGCCACTGCCCAGATACACGTCGTAGTTGCCATCACGCTCCTGCACCGTCACCCCTACCAGCTCAACGAGCTggta < 1:1687586/150‑3 (MQ=255) aaCCTGGCTCTTGTCGGCCACACCCGGCTCCACCGACAAGGTGTTGGCCTTGGTTCCGGTGACCAGCGATTGGCCACTGCCCAGATACACGTCGTAGTTGCCATCACGCTCCTGCACCGTCACCCCTACCAGCTCGTTGAGCTGGCGCAc < 2:4451658/150‑1 (MQ=255) aaCCTGGCTCTTGTCGGCCACACCCGGCTCCACCGACAAGGTGTTGGCCTTGGTTCCGGTGACCAGCGATTGGCCACTGCCCAGATACACGTCGTAGTTGCCATCACGCTCCTGCACCGTCACCCCTACCAGCTCGTTGAGCTGGCGCAc < 2:1744156/150‑1 (MQ=255) aaCCTGGCTCTTGTCGGCCACACCCGGCTCCACCGACAAGGTGTTGGCCTTGGTTCCGGTGACCAGCGATTGGCCACTGCCCAGATACACGTCGTAGTTGCCATCACGCTCCTGCACCGTCACCCCTACCAGCTCGTTGAGCTGGCGCAc > 2:4099481/1‑150 (MQ=255) aaCCTGGCTCTTGTCGGCCACACCCGGCTCCACCGACAAGGTGTTGGCCTTGGTTCCGGTGACCAGCGATTGGCCACTGCCCAGATACACGTCGTAGTTGCCATCACGCTCCTGCACCGTCACCCCTACCAGCTCAACGAGCTggtaggg < 2:304238/150‑6 (MQ=255) ccTGGCTCTTGTCGGCCACACCCGGCTCCACCGACAAGGTGTTGGCCTTGGTTCCGGTGACCAGCGATTGGCCACTGCCCAGATACACGTCGTAGTTGCCATCACGCTCCTGCACCGTCACCCCTACCAGCTCGTTGAGCTGGCGCACgg > 1:5967686/1‑150 (MQ=255) cTGGCTCTTGTCGGCCACACCCGGCTCCACCGACAAGGTGTTGGCCTTGGTTCCGGTGACCAGCGATTGGCCACTGCCCAGATACACGTCGTAGTTGCCATCACGCTCCTGCACCGTCACCCCTACCAGCTCGTTGAGCTGGCGCACGGc > 2:2295580/1‑150 (MQ=255) cTGGCTCTTGTCGGCCACACCCGGCTCCACCGACAAGGTGTTGGCCTTGGTTCCGGTGACCAGCGATTGGCCACTGCCCAGATACACGTCGTAGTTGCCATCACGCTCCAGCACCGTCACCCCTACCAGCTCGTTGAGCTGGCGCACGGc > 1:5134881/1‑150 (MQ=255) tctTGTCGGCCACACCCGGCTCCACCGACAAGGTGTTGGCCTTGGTTCCGGTGACCAGCGAGTGGCCACTGCCCAGATACGCGTCGTAGTTGCCATCACGCTCCTGCACCGTCACCCCGACCAGCTCGGTGAGCTGGCGCACGGCTTCGc > 2:7397664/1‑150 (MQ=255) ttGTCGGCCACACCCGGCTCCACCGACAAGGTGTTGGCCTTGGTTCCGGTGACCAGCGATTGGCCACTGCCCAGATACACGTCGTAGTTGCCATCACGCTCCTGCACCGTCACCCCTACCAGCTCGTTGAGCTGGCGCACGGCTTCGCTg > 1:2334159/1‑150 (MQ=255) 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ttGAGCTGGCGCACGGCTTCGCTGCGCGCATCCAGCAGGCTGTTGGGGGTGTTGCCGGAGGCGCTGGCCGCGGTGATCTGCTTGTTGTACTCGGCAATGTTGGCTGTGAGCTTGTTCACCTGGCCGGCCATGGTGTCGAGCTGGGAGTTg > 1:2513967/1‑150 (MQ=255) | TGATGCGCAGGGCAACCTGGCTCTTGTCGGCCACACCCGGCTCCACCGACAAGGTGTTGGCCTTGGTTCCGGTGACCAGCGATTGGCCACTGCCCAGATACACGTCGTAGTTGCCATCACGCTCCTGCACCGTCACCCCTACCAGCTCGTTGAGCTGGCGCACGGCTTCGCTGCGCGCATCCAGCAGGCTGTTGGGGGTGTTGCCGGAGGCGCTGGCCGCGGTGATCTGCTTGTTGTACTCGGCAATGTTGGCTGTGAGCTTGTTCACCTGGCCGGCCATGGTGTCGAGCTGGGAGTTG > NC_002947/4979826‑4980124 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |