Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,993,362 | G→C | 5.1% | intergenic (+35/+59) | ycgR → / ← PP_4398 | flagellar brake protein YcgR/MFS transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,993,362 | 0 | G | C | 5.1% | 1144.5 / 34.5 | 336 | intergenic (+35/+59) | ycgR/PP_4398 | flagellar brake protein YcgR/MFS transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (159/160); new base C (11/6); total (170/166) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.20e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 352 total aligned reads displayed.
CACCTTTGCCGGCGTGCGTTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGACTTGCTGACCTCTTCAGGCGCCTGTTGCTGCGCGCCCTTCTCTTCATCCTCGGTGTCTTCAGCCGCCACCGGCGCCTGCATC > NC_002947/4993213‑4993511 | accTTTGCCGGCGTGCGTTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGa < 2:247552/150‑1 (MQ=255) cTTTGCCGGCGTGCGTTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAgg > 1:1635657/1‑150 (MQ=255) tttGCCGGCGTGCGTTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGt < 2:4189976/150‑1 (MQ=255) ttGCCGGCGTGCGTTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTg > 1:5960024/1‑150 (MQ=255) gCCGGCGTGCGTTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGc < 1:8005691/150‑1 (MQ=255) ccGGCGTGCGTTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCg > 1:6372984/1‑150 (MQ=255) cGGCGTGCGTTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGt < 1:6033231/150‑1 (MQ=255) cGGCGTGCGTTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTCAGCAGGTGGCGt < 1:6698294/150‑1 (MQ=255) ggCGTGCGTTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTATCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTCAGCAGGTGGCGtt < 2:4007952/150‑1 (MQ=255) gcgtgcgtTTCCACACCCGGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCCGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGttt < 2:7898413/150‑1 (MQ=255) gtgcgtTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTc < 2:2243155/150‑1 (MQ=255) gcgtTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCAt < 1:7157544/150‑1 (MQ=255) tttCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTCAGCAGGTGGCGTTTTctg > 2:6574380/1‑145 (MQ=255) ccACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTgtgt > 1:3748980/1‑150 (MQ=255) cacaACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGtt > 1:6449076/1‑150 (MQ=255) acaACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGttt > 2:4090833/1‑150 (MQ=255) aGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTgctggg < 2:5800648/150‑1 (MQ=255) gCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGc < 1:4360724/150‑1 (MQ=255) 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gcaAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCggg > 2:6714149/1‑150 (MQ=255) gATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTaaa > 1:1042539/1‑150 (MQ=255) gATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTaaa > 2:6192179/1‑150 (MQ=255) aTCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAAc < 1:4090833/150‑1 (MQ=255) tCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAAcc < 2:5560609/150‑1 (MQ=255) tCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAAcc < 2:16366/150‑1 (MQ=255) cGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAAccc < 2:1554010/150‑1 (MQ=255) gagaGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGGTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCg > 1:4568436/1‑150 (MQ=255) gagaGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCg > 2:4845068/1‑150 (MQ=255) agTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTc < 2:3199362/150‑1 (MQ=255) 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gAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGACTTGCTGACCTCTTCAGGCGCCTGTTGCTGCGCGCCCTTCTCTTCATCCTCGGTGTCTTCAGCCGCCACCGGCGCCTGCATc < 1:3793960/150‑1 (MQ=255) | CACCTTTGCCGGCGTGCGTTTCCACAACCTGAGCGGGCAGGCGCAGCGCAAGATCGAGAGTTTCGTGTACCAGCTGCAGCGTGAGGCGCGGCGGTTCGACAAGGACGATTATTGATCGTCGGTCGGTAAAACAGAAAACGCCACCTGCTGAGGTGGCGTTTTCATTTGTGTTTCTGCTGGGCTGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGACTTGCTGACCTCTTCAGGCGCCTGTTGCTGCGCGCCCTTCTCTTCATCCTCGGTGTCTTCAGCCGCCACCGGCGCCTGCATC > NC_002947/4993213‑4993511 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |