Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,339,997 | T→A | 5.1% | I477N (ATC→AAC) | PP_4695 → | two‑component system sensor histidine kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,339,997 | 0 | T | A | 5.1% | 1207.7 / 31.5 | 351 | I477N (ATC→AAC) | PP_4695 | two‑component system sensor histidine kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (191/142); new base A (4/14); total (195/156) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.82e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
CCGCGGTTTCATCGCCGGGCTGCTGGCCGGCACCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAGG > NC_002947/5339848‑5340146 | cgcgGTTTCATCGCCGGGCTGCTGGCCGGCACCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCATc < 1:4871491/150‑1 (MQ=255) gTTTCATCGCCGGGCTGCTGGCCGGCACCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCATCgagg < 2:8542361/150‑4 (MQ=255) ggtgCCGGCCAGCAGCCCGGCACCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCATCGCCTCGTTg > 1:685205/4‑150 (MQ=255) aTCGCCGGGCTGCTGGCCGGCACCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCATCGCCTCGTTg < 1:644753/150‑1 (MQ=255) tCGCCGGGCTGCTGGCCGGCACCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCATCGCCTCGTTgg > 2:6929351/1‑150 (MQ=255) gCCGGGCTGCTGGCCGGCACCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCATCGCCTCGTTggcg < 1:8033891/150‑1 (MQ=255) ccGGGCTGCTGGCCGGCACCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCATCGCCTCGTTggcgg > 1:5623887/1‑150 (MQ=255) ccGGGCTGCTGGCCGGCACCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCAACGAGGCGATggcgg < 1:4505329/150‑1 (MQ=255) cGGGCTGCTGGCCGGCACCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCATCGCCTCGTTggcggc < 1:2642868/150‑1 (MQ=255) cGGGCTGCTGGCCGGCACCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGC‑AGCACGTTGGCCGCCAACGAGGCGATggcggc < 2:3339462/150‑1 (MQ=38) cGGGCTGCTGGCCGGCACCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGC‑AGCACGTTGGCCGCCAACGAGGCGATggcggc < 1:5366748/150‑1 (MQ=38) gggCTGCTGGCCGGCACCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCAACGAGGCGATGGCGGcc < 2:2338872/150‑1 (MQ=255) gctgGCCGGCACCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCAACGAGGCGATGGCGGCCa < 2:8600830/146‑1 (MQ=255) 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cTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGcgccg > 1:3371281/1‑150 (MQ=255) tGGACGACACCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAgc > 1:4342373/1‑150 (MQ=255) gacgacACCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAgcgc > 2:5083549/1‑150 (MQ=255) gacACCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGcgccgc > 2:3699888/1‑150 (MQ=255) gacACCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGcgccgc > 2:1449348/1‑150 (MQ=255) gacACCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGcgccgc < 1:424868/150‑1 (MQ=255) cacCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGa < 2:4112000/150‑1 (MQ=255) cacCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGa < 2:3606858/150‑1 (MQ=255) acCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAg > 2:4606733/1‑150 (MQ=255) acCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAg > 2:1881019/1‑150 (MQ=255) cAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCt > 1:157091/1‑150 (MQ=255) cAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCt > 2:3948318/1‑150 (MQ=255) tGGCAC‑ATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCAc > 2:2649547/1‑150 (MQ=255) gCAC‑ATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCAcgc > 1:8412455/1‑150 (MQ=255) acgttGGCCGCCAACGAGGCGATGGCGGCC‑ATGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCAcgccg > 1:2989843/5‑150 (MQ=38) ggCCGCCAACGAGGCGATGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTc > 2:3471907/1‑150 (MQ=255) gccgccATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGACGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTcg > 2:6049160/1‑150 (MQ=255) ccgccATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTcgc < 1:6201310/150‑1 (MQ=255) cgccATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTcgcc > 1:4082755/1‑150 (MQ=255) aTCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAg < 2:5748586/150‑1 (MQ=255) aTCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAg < 2:2053136/150‑1 (MQ=255) tCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAgg > 1:6126597/1‑150 (MQ=255) | CCGCGGTTTCATCGCCGGGCTGCTGGCCGGCACCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCAC‑ATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAGG > NC_002947/5339848‑5340146 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |