Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,349,468 | C→T | 17.9% | intergenic (+46/‑132) | pgi‑II → / → acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,349,468 | 0 | C | T | 17.9% | 412.8 / 79.7 | 193 | intergenic (+46/‑132) | pgi‑II/acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (72/78); new base T (21/13); total (93/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.42e-01 |
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
CAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCA > NC_002947/5349320‑5349615 | caaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCa < 2:1591273/150‑1 (MQ=255) caaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCa < 2:6681466/150‑1 (MQ=255) ggCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAAcgc < 1:3273084/150‑1 (MQ=255) tACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACGAGGTAACGCGTT‑Gcc < 2:7126425/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTT‑Gcc < 1:6845806/150‑1 (MQ=25) ccAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTc < 1:6461980/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTc < 1:6027049/150‑1 (MQ=255) cAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCg > 2:7805600/1‑150 (MQ=255) aGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGt < 1:5486398/150‑1 (MQ=255) gctcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGAGAGCGCAGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCTACTACTTCCTCGGCCTTCACCGCGTTTGATGCGAGCTTGTGCCGGCCAATTCGCTGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCTACGCGTT‑ACCTCGTa < 2:6908453/147‑1 (MQ=25) gcgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTa < 2:6176959/150‑1 (MQ=255) gcgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTa < 2:7676054/150‑1 (MQ=255) gcgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTa < 1:7198460/150‑1 (MQ=255) gagcTTGGTCGGTAGCCTGGTAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTTCTTCCGCGTCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGATTGTGCCGGCCTCTTCGCGGTTATACCCG‑‑CCTACCAGGAAACGCGTT‑ACCTCGTa < 1:4386346/148‑1 (MQ=37) cgcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAg < 2:3762441/150‑1 (MQ=255) gcTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTT‑GCCTGGTa < 1:6328716/150‑1 (MQ=25) ttGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAg < 1:2868474/150‑1 (MQ=255) ggTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCg < 1:2892277/150‑1 (MQ=255) gTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCgg < 1:6799250/150‑1 (MQ=255) gTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCgg < 2:7585760/150‑1 (MQ=255) gTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCgg < 1:5248092/150‑1 (MQ=255) gTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCgg < 1:6512764/150‑1 (MQ=255) gTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCgg < 1:8007652/150‑1 (MQ=255) gTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCgg < 1:3483591/150‑1 (MQ=255) gTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCgg < 1:1066964/150‑1 (MQ=255) gTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCgg < 1:1809701/150‑1 (MQ=255) tCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGTTCATCTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGcttg < 1:3601712/150‑4 (MQ=255) tCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCC‑‑CCAACCCGGCAACGCGGT‑ACCTCGGAGGAGCggg > 2:3774868/1‑150 (MQ=37) tCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCATCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCggg < 1:3150998/150‑1 (MQ=255) aGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTAc < 1:5776664/150‑1 (MQ=21) aGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTAc < 2:4481400/150‑1 (MQ=255) gCCTGGTAGTCAGGGCCGAAGTCGGTTCGTCCCTTGGCCTGATGTACTTGTTCCGCGGCCGTGTCCGGGGTTGATCGGTGCTTGTGCGGGCGTCTTCGGGGGTAAAGGGG‑‑CCTAGCAGGCTTCGCGTT‑AGGTCGTAGGAGCGGGTTTAcc < 1:1310490/150‑1 (MQ=255) ccTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTAccc < 1:1109986/150‑1 (MQ=255) cTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCcg < 2:7384870/150‑1 (MQ=255) cTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCcg < 1:4334845/150‑1 (MQ=255) tGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 2:5899238/150‑1 (MQ=255) tGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 2:1473629/150‑1 (MQ=255) tGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCC‑‑CCAACCAGGCAACCCCGT‑ACCGCGGAGGAGCGGGTTTAacccc > 1:1360232/1‑148 (MQ=37) tGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTAGCGGGTAAAACCG‑‑CCTACCACGCCACGCGTT‑ACCTCGAAGGAGCGGGTTTACCcgc > 1:8722829/1‑150 (MQ=38) tGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCGCGTCGCGGGGGGACCCG‑‑CCCACCACGCCACGCGGG‑TCCGCGTGGGAGCGGGGTTTCCcgc > 1:537424/1‑150 (MQ=25) tGGAAGACAGCACCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 2:1038171/150‑1 (MQ=255) gAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTGTACCCGCGa > 2:7795337/1‑150 (MQ=255) aaGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCACGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGaa < 2:3483852/150‑1 (MQ=21) aaGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGaa < 2:3483962/150‑1 (MQ=21) aaGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaa < 1:852804/150‑1 (MQ=255) gACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAaga < 1:210402/150‑1 (MQ=255) gACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAaga < 2:8231495/150‑1 (MQ=255) aGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGtt < 1:5930332/117‑1 (MQ=255) aGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGtt > 2:5930332/1‑117 (MQ=255) aGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCC‑‑CCGACCAGGCAACGCGGT‑ACCGCGTAGGAGCGGGTTTAACCGCGAAGAggc > 1:1407813/1‑150 (MQ=39) aGACGGTTCCACCAACGGCCTGATCACCTACTTCCGCGGCCGTCACCGGGGTTGATCCGTGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGAAAACCCG‑‑CCTACCTGGCAAGGCGTG‑CCCGCGTCGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAg < 2:6545968/150‑1 (MQ=37) ggTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTg > 2:8554670/1‑150 (MQ=255) tGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCACGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGCAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGca > 2:7696497/1‑149 (MQ=255) gATCACCTACTGCCGCGGCCGTCCCCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGTTAAACCCG‑‑CCTCCCAGGCAACGCTTT‑ACCTCGTAGGAGCGGTTTTACCGGCGATGCGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTa < 2:4941520/150‑1 (MQ=255) ctactTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTa > 1:7583002/1‑90 (MQ=255) ctactTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGGT‑ACCTCGTAGGAGCGGGGTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGt > 2:1948273/1‑150 (MQ=255) tactTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCATCGCGGGTAAAAAAG‑‑CCTACCATGCAACGCGTT‑ACCACGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACAACGCTCCCAGCTACACTGta > 2:3537198/1‑149 (MQ=38) cgcccGCCACCGCGTTTCATCCGAGCTTGTCCCGCCCACTACGCGGTAAAACCCC‑‑CAAACCACCAAACCCTTT‑ACCCCCTAGCAGCGGTTTAACCCCCCAAGAGCCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGaa < 2:550930/147‑1 (MQ=255) gccgccACCGCGTTTGATCCGAGTTTGTGCCGCCCTCTTCGGGGGAAAACCCC‑‑CCAACCCGCCACCGCGTT‑ACCTCGTCGGAGCGGGTTTCCCCGCTAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATa < 2:6791207/150‑1 (MQ=255) gTCACCGCGGTTGATCTTTGCTTTTGCGGGCATCTTCGCGTTTAAACCCG‑‑CCTACCTGGCAACGCTTT‑ACCTCTTTTGAGGGGTTTTACCGGCTAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGaaggcgt < 2:3484455/150‑6 (MQ=255) tgCTTGTGCCGGCATGTTCGGGGTTAAACCCG‑‑CCAACCTGGAACCGGTTT‑ACCTCTTTGGCGGGGTTTTACCCGCTAAGCGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGcccc < 1:5851920/149‑1 (MQ=255) ttGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCAACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTa > 2:7957415/1‑150 (MQ=255) tgCGGGCCTGTTCGGGGGTAAACCCG‑‑CCAACCCGGCACGGCGTT‑ACCGGTTAGGTGGGGTTTTACCCGCTAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACaa < 2:4754024/150‑1 (MQ=255) cGGCCTCTTCGCGGTTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAagag < 2:5731545/150‑1 (MQ=255) cGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTAACCGCGAATAGGCCGGCCCAGGTTTAAAAACGCTCCCAGCTAAACTGTCTTATCGAATATCCGTTGAATTACATCGCCCCTTACAagag > 2:7569358/1‑150 (MQ=37) ggCCTCTTCGCGGTTAAACCCG‑‑CCTACCTGGCAACGCTTT‑ACCTCGTTGGTGCGGGTTTACCCGCTAAGTGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGc < 2:1360232/150‑1 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGGT‑TCCTCGTAGGAGCGGGGTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCCGGTTGGAAACCGCGCCCAGCGACACTGGCTTATCGTATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTAAAAGAGc > 2:2457882/1‑150 (MQ=37) gcccattCGCGGTTAACCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCa < 1:7795337/145‑1 (MQ=255) gCCTCTTCGGGGGTAAACCCG‑‑CATACCCGGCAACGCGTT‑ACCTCTTTGGAGGGTTTTTACCCGCTAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCa < 2:537424/150‑1 (MQ=255) tCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGacca > 2:8781720/1‑150 (MQ=255) cggggttAAACCCG‑‑CCT‑CCCTGCAACCGGTTAACCGCTTTGGCGGGGGTTTCCCGGCGATGCGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGaccac < 2:2193690/144‑1 (MQ=255) cgcgGGTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGACCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGaccac > 2:274406/1‑150 (MQ=21) gcgGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGaccacc > 1:4019046/1‑150 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCg > 2:2892186/1‑150 (MQ=21) acccgctccTACGAGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 2:8421534/8‑150 (MQ=25) aCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 2:7247143/1‑150 (MQ=255) aCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 1:8199379/1‑150 (MQ=255) aCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCACTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 1:3967561/1‑150 (MQ=255) cccgctccTACGAGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATg > 2:1636456/7‑150 (MQ=38) cccgctccTACGAGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGtt > 1:8499953/7‑150 (MQ=25) cccG‑‑CCTACCCGGAACCGGTTT‑ACCTCGTTGTAGCGGTTTTCCCCGCGAAGCGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGtt < 2:1085384/150‑1 (MQ=255) ccgctccTACGAGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 2:6394279/6‑150 (MQ=38) ccgctccTACGAGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 2:3181761/6‑150 (MQ=25) ccgctccTACGAGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:5125450/6‑150 (MQ=25) ccgctccTACGAGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:672891/6‑150 (MQ=25) ccgctccTACGAGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:6609757/6‑150 (MQ=25) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:4938494/1‑150 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 2:4173165/1‑150 (MQ=255) g‑‑CCTACCACGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTAATCGAATAGCCGGTTCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACACGCCATGGTCGa > 2:6875766/1‑150 (MQ=39) cTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGata > 1:4672560/1‑150 (MQ=255) tACGAGGTAACGCGTT‑GCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATcc > 2:810425/1‑150 (MQ=37) tACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTc < 1:5133918/71‑1 (MQ=255) tACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTc > 2:5133918/1‑71 (MQ=255) aCCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATc > 2:5417702/1‑150 (MQ=255) aCCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATc > 2:4824958/1‑150 (MQ=255) aCCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATc > 2:5418217/1‑150 (MQ=255) aCCAGGCAACGCGTT‑ACCACGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGCTTCAACACCCCTCCCAGCTACACTGTCAAATCGAATACCCGTTGCAGTCCATCGCCCCATACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGGTCCATATc > 2:8067707/1‑150 (MQ=38) ccAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATcc > 1:3855297/1‑150 (MQ=255) cAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCg > 2:4886668/1‑150 (MQ=255) ggCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCa > 1:237903/1‑150 (MQ=255) | CAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTT‑ACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCA > NC_002947/5349320‑5349615 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |