Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 5,527,790 | T→A | 6.0% | intergenic (+27/+13) | PP_4856 → / ← yhjG | Dps family ferritin/protein YhjG |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,527,790 | 0 | T | A | 6.0% | 1097.8 / 38.0 | 330 | intergenic (+27/+13) | PP_4856/yhjG | Dps family ferritin/protein YhjG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (177/132); new base A (10/10); total (188/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.43e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 |
Only 100 of 335 total aligned reads displayed.
TACCGCGAGATCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGCCCTGCCACCACCC > NC_002947/5527641‑5527939 | ccGCGAGATCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTg < 2:4419655/150‑1 (MQ=255) cgcgAGATCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGc < 2:5800566/150‑1 (MQ=255) cgcgAGATCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGc < 1:6943756/150‑1 (MQ=255) cgcgAGATCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGc < 1:1702382/150‑1 (MQ=255) cgcgAGATCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGc > 1:3337394/1‑150 (MQ=255) cgcgAGATCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGc > 1:3190493/1‑150 (MQ=255) cgAGATCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCgg < 1:2908361/150‑1 (MQ=255) gagaTCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGc < 2:4956360/150‑1 (MQ=255) gagaTCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGc < 2:5442265/150‑1 (MQ=255) aTCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGcccc < 2:2136106/150‑1 (MQ=255) tCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCt < 2:2229473/150‑1 (MQ=255) tCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCGCAAGGGGCCGCAAAAGCGGCCCCt < 1:4432120/150‑1 (MQ=255) cATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCtt < 2:599341/150‑1 (MQ=255) 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ggCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAg > 2:8393069/1‑150 (MQ=255) tttGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGcc > 1:1281106/1‑150 (MQ=255) tttGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGcc > 1:8436650/1‑150 (MQ=255) tttGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGcc > 1:7777897/1‑150 (MQ=255) ttGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCa < 2:907140/150‑1 (MQ=255) ttGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCa < 2:6909356/150‑1 (MQ=255) aTTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCa > 1:5486769/1‑150 (MQ=255) tttCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGATATTTCCGTGCTTAAACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATATGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCAACCCCGCTGCAGGGCGCAATCAGCGCCAGCac > 1:1114519/1‑149 (MQ=255) ttCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAAc > 1:6538354/1‑150 (MQ=255) ccTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCccgccgcc > 2:659753/1‑150 (MQ=255) ccTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCccgccgcc > 2:8082493/1‑150 (MQ=255) ccTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCccgccgcc > 2:7065326/1‑150 (MQ=255) ccTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCGTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCccgccgcc < 2:1656142/150‑1 (MQ=255) cTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCccgccgccg > 1:8066690/1‑150 (MQ=255) cTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCccgccgccg < 1:136025/150‑1 (MQ=255) cTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCccgccgccg > 2:4466602/1‑150 (MQ=255) cAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGc > 2:4642387/1‑150 (MQ=255) aaGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGcc < 1:4083625/150‑1 (MQ=255) aaGGGGCCGCAAAAGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGcc > 1:4194589/1‑150 (MQ=255) aGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGccc > 2:6768302/1‑150 (MQ=255) 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cGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGCCCTGccac > 2:4672862/1‑150 (MQ=255) cTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGCCCTGccacca < 1:464345/150‑1 (MQ=255) | TACCGCGAGATCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGCCCTGCCACCACCC > NC_002947/5527641‑5527939 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |