| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,527,791 | T→A | 5.8% | intergenic (+28/+12) | PP_4856 → / ← yhjG | Dps family ferritin/protein YhjG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,527,791 | 0 | T | A | 5.8% | 1124.4 / 35.4 | 330 | intergenic (+28/+12) | PP_4856/yhjG | Dps family ferritin/protein YhjG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (178/132); new base A (10/10); total (188/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
ACCGCGAGATCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGCCCTGCCACCACCCC > NC_002947/5527642‑5527940 | aCCGCGAGATCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCtttt < 2:2678280/150‑1 (MQ=255) cgcgAGATCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGc < 2:5800566/150‑1 (MQ=255) cgcgAGATCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGc < 1:1702382/150‑1 (MQ=255) 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aaatagcAAGGGGCCGCAAAAGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCccgcc > 2:1339984/7‑150 (MQ=255) cccTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCccgccgc > 1:7146534/1‑150 (MQ=255) ccTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCccgccgcc > 2:659753/1‑150 (MQ=255) ccTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCccgccgcc > 2:8082493/1‑150 (MQ=255) ccTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCccgccgcc > 1:699186/1‑150 (MQ=255) ccTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCccgccgcc > 2:7065326/1‑150 (MQ=255) cTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCccgccgccg > 2:4466602/1‑150 (MQ=255) cTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCccgccgccg > 1:8066690/1‑150 (MQ=255) cTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCccgccgccg < 1:136025/150‑1 (MQ=255) tCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCgg > 1:7464774/1‑150 (MQ=255) tCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCgg > 2:633530/1‑150 (MQ=255) cAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGc > 2:2010727/1‑150 (MQ=255) aaGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGcc < 1:4083625/150‑1 (MQ=255) aGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGccc > 2:6768302/1‑150 (MQ=255) aGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGccc > 2:3604065/1‑150 (MQ=255) ggggCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGcccg > 1:2334406/1‑149 (MQ=255) ggggCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGCCCt > 1:3958804/1‑150 (MQ=255) gCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGCCCTGcc > 1:8510144/1‑150 (MQ=255) cGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGCCCTGccac > 2:4672862/1‑150 (MQ=255) cGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTACGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGCCCTGccac > 2:4350375/1‑150 (MQ=255) tGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGCCCTGCCACCAcccc < 1:5856063/150‑1 (MQ=255) | ACCGCGAGATCATTCAATACATCGGGGATAAAGACCCGACTACCCGTCGTATCTTCGAAGACATCCTGGCGCAGGAAGAGGAGCACGCGGACGATATGTCCGACCTGTTGCAAGGCCTTTGATTTCTGACACCCTCAAGGGGCCGCTTTTGCGGCCCCTTGCTATTTCCGTGCTTTCACCGCCGTCGGCGCCTTGCCTGCCTTCATCTGCTGCAACAACGGTGTGCACTGGTTCGGGTCATCCCCGCTGCTGGGCGCAATCAGCGCCAGCAACCCCGCCGCCGGCCCTGCCACCACCCC > NC_002947/5527642‑5527940 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |