Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,562,925 | 0 | C | A | 5.6% | 889.7 / 20.7 | 269 | intergenic (‑296/+35) | PP_4888/purA | methyl‑accepting chemotaxis transducer/adenylosuccinate synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (133/118); new base A (10/8); total (143/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
GCTCCTACAACGGCCTGCGCCCAACCATCGTTGTGTGCCCACATAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGGATTACCGGTGGATATTGGCCAGCACAGACATGCCCACAAATGAAAACGCCGCGGCCCTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCT > NC_002947/5562776‑5563074 | cTCCTACAACGGCCTGCGCCCAACCATCGTTGTGTGCCCACATTGGAGGGGTTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGGATTACCGGTGGATATTGGCCAGCACAGACATGCCCACAAATGAAAACGCCGCGGCCCTTCTCa < 2:4773505/150‑1 (MQ=255) cTCCTACAACGGCCTGCGCCAAACCATGGTTGTGTGCCCACTTAGGCGGGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGGATTACCGGTGGATATTGGCCAGCACAGACATGCCCACAAATGAAAACGCCGCGGCCCTTCTCa < 2:6613413/150‑1 (MQ=38) cTCCTAAAACGCCCTGCGCAAAACAATGTTTTTGTGCACAAATCGGAGGGTTTTCACCCGCCAATACGGTAGCGGCGGCACCGGTGGATTACCGGTGTATATTGGCCAGCACAGACATGCCCACAAATGAAAACGCCGCGGCCCTTCTCa < 1:5348276/150‑1 (MQ=255) 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ccACAAATGAAAACGCCGCGGCCCTTCTCAGGGCCCCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACCATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCACCTCGTc > 1:8377463/1‑150 (MQ=255) acaAATGAAAACGCCGCGGCCCTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGa > 1:1892210/1‑150 (MQ=255) aaaTGAAAACGCCGCGGCCCTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATg > 2:1353156/1‑150 (MQ=255) aaTGAAAACGCCGCGGCCCGTCTCAGGGCCGCGGCGTCCGATCAGCCTGGAATGCAGATCAGGCGAACGGGGGACGCAGCCCGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCACCGCTTCGATgc > 1:3974911/1‑150 (MQ=255) caccccgcGGCCCGTCTCCGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGa < 1:6408780/146‑1 (MQ=255) 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ccgcGGCCCTGAGAAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTa > 2:1334789/1‑150 (MQ=255) ccgcGGCCCGTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTa < 2:4127031/150‑1 (MQ=255) cgcgGCCCGTCACAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAg < 1:8247234/150‑1 (MQ=255) gcgGCCCTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGt > 1:7848042/1‑150 (MQ=255) gcgGCCCTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGt > 2:1720400/1‑150 (MQ=255) ccTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCAcgc > 1:7141008/1‑150 (MQ=255) cTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCAcgcg > 1:5660565/1‑150 (MQ=255) tctcAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCa > 2:5492501/1‑150 (MQ=255) tcAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGc > 1:875847/1‑150 (MQ=255) tcAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGc > 2:7400787/1‑150 (MQ=255) tcAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGc > 2:8549509/1‑150 (MQ=255) tcAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGc > 1:1013448/1‑150 (MQ=255) | GCTCCTACAACGGCCTGCGCCCAACCATCGTTGTGTGCCCACATAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGGTAGCGGCGGCAACGGTGGATTACCGGTGGATATTGGCCAGCACAGACATGCCCACAAATGAAAACGCCGCGGCCCTTCTCAGGGCCGCGGCGTCAGATCAGCCTGGAAGGCAGATCAGGCGAACGGGTGACGCAGCACGATGGTCTCGTTGCGGTCCGGGCCGGTCGAAATGATGTCGATCGGCGCGCCAACCAGCTCTTCGATGCGCTTGATGTAGTCACGCGCAGCT > NC_002947/5562776‑5563074 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |