Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,563,372 | C→A | 5.2% | R294L (CGT→CTT) | purA ← | adenylosuccinate synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,563,372 | 0 | C | A | 5.2% | 1154.0 / 34.8 | 340 | R294L (CGT→CTT) | purA | adenylosuccinate synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (145/176); new base A (8/10); total (154/186) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
GTTGATGGTTTCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGCCAAGGTAGCACCGGTCTCGTCGAACAGTTCGGTCGGGAACGGACCGGAACCCACGCGAGTGGTGTAGGCCTTGGTGATACCGAGGATGTAGTCGAGGTACATCGGGCCGACGCCGGAACCGGTGGAAATACCACCGGCAGT > NC_002947/5563224‑5563520 | ttGATGGTTTCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGc > 2:4885817/1‑150 (MQ=255) gATGGTTTCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCtt < 2:2445267/150‑1 (MQ=255) aTGGTTTCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTg < 1:5198368/150‑1 (MQ=255) tGGTTTCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTgg < 2:5159182/150‑1 (MQ=255) gTTTCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGcc > 2:6755/1‑150 (MQ=255) tttCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGCCa > 1:3296846/1‑150 (MQ=255) ttCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGCCac > 2:1786982/1‑149 (MQ=255) ttCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCAAGCGTGGCCac < 1:1976619/150‑2 (MQ=255) ttCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCAAGCGTGGCCac < 1:5360252/150‑2 (MQ=255) tCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGCCAAg < 1:4837789/150‑1 (MQ=255) tCCAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGCCAAg > 2:1054660/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCTTGGCCAAGCGTGGCCacga < 1:6419457/150‑4 (MQ=255) ccAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGCCAAgg < 1:7417590/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGCCAAgg < 1:5388716/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGCCAAgg < 2:6418134/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGCCAAgg < 2:7918849/150‑1 (MQ=255) cAGGCCGTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGCCAAGGt > 1:4159562/1‑150 (MQ=255) gTCCAGTACGTCCAGCTTGGTCAGGCAGATGCCCGAGATGCTGTTGACGTCGATGGCGCGACGCAGGATCACGGCATCGAACCAGCCGCAACGACGGGCACGGCCGGTGGTGGAACCGAACTCGTGGCCACGCTTGGCCAAGGTAGCAcc < 2:8581809/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |