Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,657,960 | T→G | 9.5% | intergenic (‑61/+100) | PP_4961 ← / ← PP_4962 | lipoprotein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,657,960 | 0 | T | G | 9.5% | 916.1 / 66.8 | 313 | intergenic (‑61/+100) | PP_4961/PP_4962 | lipoprotein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (137/143); new base G (5/25); total (142/171) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.98e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.64e-01 |
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
AGTTGTCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTCGTCGTACTTTTCCA > NC_002947/5657812‑5658109 | gTTGTCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTAc > 2:2680349/1‑150 (MQ=255) ttGTCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACa < 2:6706541/150‑1 (MQ=255) tCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCCAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTg > 2:6426664/1‑150 (MQ=255) tCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTg < 1:6842275/150‑1 (MQ=255) tGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCa < 1:7216094/150‑1 (MQ=255) tGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCa < 1:8020809/150‑1 (MQ=255) tGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCa < 1:2263965/150‑1 (MQ=255) tGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCAGTCAGTTTCCTCGAGTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCCCAGGTACAGTGCa > 2:8551128/1‑150 (MQ=255) cGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGtc > 2:3180514/1‑150 (MQ=255) ggggCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGGCGCCAGGGCGGTCACGGCCAAATGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGtct < 2:1233791/150‑1 (MQ=255) ggCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTctct < 1:2629806/150‑1 (MQ=255) ggCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTctct < 1:8422125/150‑1 (MQ=255) ggCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTctct < 1:4438197/150‑1 (MQ=255) gCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCtg > 1:2001034/1‑150 (MQ=255) ccGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCtgt < 2:3458367/150‑1 (MQ=255) ccGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCtgt < 2:2293076/150‑1 (MQ=255) cGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGACCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCtgtg < 1:1875997/150‑1 (MQ=255) gTTGCGCCGGCAGCAGCAGAGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCACGGCCGTCACGGCCAAACGCGCTTTCAGTCAGGTTCCTCGATGTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGGGCAGTCTCAGgggg > 2:6770829/1‑150 (MQ=38) ttGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGa < 2:5854695/150‑1 (MQ=255) ttGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGa < 2:2215410/150‑1 (MQ=255) ttGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGa < 1:570530/150‑1 (MQ=255) ttGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGa < 1:4911214/150‑1 (MQ=255) gcgcCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGAGACTGCACTGTACCTGTGGGAGc < 1:7331036/150‑1 (MQ=25) 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cGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGc < 1:8105310/150‑1 (MQ=255) gCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGAGACTGCACTGTACCTGTGGGAGCGGGCGa < 2:290375/150‑1 (MQ=21) tGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCCGCTGTGCGGCCCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGAGACTGCACTGTACCTGTGGGAGCGGGCGAGc < 2:4324669/150‑1 (MQ=18) cgctgTGCGCATCGGGCCTGGGTCGCCTGGGCGGTCACGGCCAAACGCGCTTTCTTTCAGTTTCCTCTTTTTGGGGCTGCTGTGCAGCCATTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACTGTTACAGGGCTGTCTGTTTGGGCGGGGGCGAGCCcg < 2:1106262/146‑1 (MQ=255) tGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAg > 1:6244997/1‑150 (MQ=255) 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attcaGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTGCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTg > 1:4555506/1‑150 (MQ=255) attcaGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCATCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTg > 1:8777269/1‑150 (MQ=255) tcaGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAAACAACGTTCAGGGTGcc > 1:3278729/1‑150 (MQ=255) caGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCt < 2:4999494/150‑1 (MQ=255) tttCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCGCCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCATCTTCAAGACCACAAATCAAAGTTAAGGTTGCCTAtt > 1:8269432/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |