| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,657,963 | A→T | 12.4% | intergenic (‑64/+97) | PP_4961 ← / ← PP_4962 | lipoprotein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,657,963 | 0 | A | T | 12.4% | 797.6 / 70.1 | 309 | intergenic (‑64/+97) | PP_4961/PP_4962 | lipoprotein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (135/123); new base T (4/36); total (142/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.40e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
TTGTCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTCGTCGTACTTTTCCAGGC > NC_002947/5657814‑5658112 | ttGTCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACa < 2:6124795/150‑1 (MQ=255)gtGTCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACa < 2:5111798/149‑1 (MQ=255) tCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTg > 2:6426598/1‑150 (MQ=255) tCTGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTg < 1:6842196/150‑1 (MQ=255) tGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTGCa < 2:693853/150‑1 (MQ=255) tGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTGCa < 1:5538485/150‑1 (MQ=255) tGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTGCa < 1:2292682/150‑1 (MQ=255) tGCCGGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTGCa < 2:546238/150‑1 (MQ=255) 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ggCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTctct < 1:4438197/150‑1 (MQ=255) ggCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTctct > 2:7428390/1‑150 (MQ=255) ccGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCtgt < 2:7354658/150‑1 (MQ=255) cGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCtgtg < 2:5748023/150‑1 (MQ=255) cGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCtgtg > 1:976125/1‑150 (MQ=255) 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ggggGTGCTGTGCCGCCCTCCGGGGGCCCG‑CCCGCCCCCACTGGTACTGTGCTTTCTGGGGGGGCGGGGGCGCGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAgg < 1:1016818/150‑1 (MQ=255) ggggCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTGCATTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAgg < 1:7980586/150‑1 (MQ=255) ctgTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAAccc > 2:8585728/1‑150 (MQ=255) cAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGGTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGgcgc > 2:5854318/1‑150 (MQ=255) cccTTGTGGGGCCCG‑CCCGCTCCCACCGGTACTGTGCAGTCTGTGTGGGCGGGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCtt < 1:1941480/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |