| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,657,972 | T→C | 10.2% | intergenic (‑73/+88) | PP_4961 ← / ← PP_4962 | lipoprotein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,657,972 | 0 | T | C | 10.2% | 799.0 / 57.8 | 287 | intergenic (‑73/+88) | PP_4961/PP_4962 | lipoprotein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (138/116); new base C (4/25); total (142/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
GGGGCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTGGGAGCGGGCGAGCCCGCGAAGGGCCGCACAGCGGCCCCTTCTTCAAGACCACAAATCAACGTTCAGGTTGCCTATTACCCGATCAAGGGCAACCCGGCGCCTTGCGCTGGTGGTCTTCGTCGTACTTTTCCAGGCCTTCCGGGC > NC_002947/5657823‑5658121 | ggCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTctct < 1:8422125/150‑1 (MQ=255) gCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCtg < 2:1291980/150‑1 (MQ=255) gCCGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCtg > 1:2001034/1‑150 (MQ=255) cGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCtgtg < 1:365983/150‑1 (MQ=255) cGGTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGACCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCtgtg < 1:1875997/150‑1 (MQ=255) ggTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCGCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTgg < 1:6667617/150‑1 (MQ=255) gTTGCGCCGGCTGCAGCAGTGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCAGGGCCGTCACGGCCAAAAGCGCTTTCATTCAGTTTCCTCGATTTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGTGCAGTCTCTGTggg > 1:5233449/1‑150 (MQ=255) gTTGCGCCGGCAGCAGCAGAGAGCATCCTGCCAGTGTCGCCACGGCCGTCACGGCCAAACGCGCTTTCAGTCAGGTTCCTCGATGTGGGGCTGCTGTGCAGCCCTTCTCGGGCTCG‑CCCGCTCCCACAGGTACAGGGCAGTCTCAGgggg > 2:6770829/1‑150 (MQ=38) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |