Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,709,548 | C→A | 6.6% | intergenic (+68/+44) | PP_5006 → / ← PP_5007 | TetR family transcriptional regulator/polyhydroxyalkanoate granule‑associated protein GA2 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,709,548 | 0 | C | A | 6.6% | 971.2 / 43.8 | 304 | intergenic (+68/+44) | PP_5006/PP_5007 | TetR family transcriptional regulator/polyhydroxyalkanoate granule‑associated protein GA2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (153/130); new base A (14/6); total (168/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.44e-01 |
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
TGATGCTGGTGGCGCCGCATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGG > NC_002947/5709401‑5709696 | tgatgCTGGTGGCGCCGCATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCAt < 1:3781631/150‑1 (MQ=255) gatgCTGGTGGCGCCGCATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATc > 1:4996082/1‑150 (MQ=255) tgCTGGTGGCGCCGCATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATCtt > 2:3900318/1‑150 (MQ=255) tgCTGGTGGCGCCGCATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATCtt < 2:2256915/150‑1 (MQ=255) cTGGTGGCGCCGCATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATCTTGt < 2:4869047/150‑1 (MQ=255) cTGGTGGCGCCGCATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATCTTGt < 1:3975379/150‑1 (MQ=255) tggtggCGCCGCATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATCTTGTa < 1:1111551/150‑1 (MQ=255) tggtggCGCCGCATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATCTTGTa < 2:269329/150‑1 (MQ=255) tggtggCGCCGCATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATCTTGTa < 2:6642127/150‑1 (MQ=255) tggtggCGCCGCATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATCTTGTa < 1:5597718/150‑1 (MQ=255) tggtggCGCCGCATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACACGCTCCTACAAGGTTTTGGGCATCTTGtt > 1:746609/1‑149 (MQ=255) ggtggCGCCGCATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATCTTGTAg < 2:8292302/150‑1 (MQ=255) gtggCGCCGCATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAAACCCCTCCAACAAGGTTTGGCGCATATTGTAgg > 1:36113/1‑150 (MQ=255) tggCGCCGCATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGa < 2:7231036/150‑1 (MQ=255) gcgcCGCATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGc > 1:8666704/1‑150 (MQ=255) gcgcCGCATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGc < 1:5027530/150‑1 (MQ=255) gcgcCGCATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGc < 2:3491502/150‑1 (MQ=38) gccgcATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCgg < 1:4104448/150‑1 (MQ=255) gccgcATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCgg < 2:6219739/150‑1 (MQ=255) gccgcATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCAACAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCgg > 1:6191480/1‑150 (MQ=255) gccgcATCTGAAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTTGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGCTGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCgg < 2:3846439/150‑1 (MQ=255) ccgcATCTGTAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCggg < 2:6398991/150‑1 (MQ=255) ccgcATCTGTAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCggg < 2:8326762/150‑1 (MQ=255) ccgcATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCggg < 2:4668734/150‑1 (MQ=255) gcgagttGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCGGGt < 2:3770787/144‑1 (MQ=255) aTCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAAACCGCTCCAAAAAGGTTTGGCGCATGTTGGTGGAGCGGGtttg > 1:311606/1‑149 (MQ=255) caggcccaggccCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGTGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGAAGCCGAATCATTCGCGGGTAAAACAGCTAATACAAGTTTTTGAGGATATTGTAGGAGCGGGTTTaaacga > 1:1259644/1‑145 (MQ=255) ggcccaggcccGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCGGGTAAACCcgctc < 1:1032748/150‑3 (MQ=255) 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gCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAgg > 2:8178168/1‑150 (MQ=38) gCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTACCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAgg > 1:8217106/1‑150 (MQ=37) cTCCTACAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCGGTGGTCGCTGCAGgc > 2:7824509/1‑150 (MQ=255) cTACAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCa > 2:4230016/1‑150 (MQ=255) tACAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAg > 2:8761204/1‑150 (MQ=255) tACAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAg > 2:5669516/1‑150 (MQ=255) aCAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTatcagatcag > 2:7766026/1‑66 (MQ=255) aCAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCgg < 1:6113717/108‑1 (MQ=255) aCAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAgc > 1:8465456/1‑150 (MQ=255) aCAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAgc > 2:2397515/1‑150 (MQ=255) aCAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAgc > 1:2316811/1‑150 (MQ=255) aCAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGAATCAGATCATGGTACCGGTGCCAGTCGTTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCAGTGGTCGCTGCAGGCGCAgc > 1:4004278/1‑150 (MQ=255) aaGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAgcgc > 1:4757967/1‑150 (MQ=255) ggTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTg > 1:690752/1‑150 (MQ=255) tttGGCGCATCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGACAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGc < 2:5566072/150‑1 (MQ=255) ggCGCATCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGc < 2:1256763/150‑1 (MQ=255) ggCGCATCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGc < 2:8666704/150‑1 (MQ=255) gcgcATCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCt > 2:6086166/1‑150 (MQ=255) gcgcATCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCt < 2:1374088/150‑1 (MQ=255) cgcATCTTGTAGGAGCGGGATTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTg < 2:5806686/150‑1 (MQ=255) gcATCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTgg > 2:653175/1‑150 (MQ=255) | TGATGCTGGTGGCGCCGCATCTGCAGGCCCAGGCCCGGGCGGCGGCGGAGCAGCTGGCAGTGAAGTACCTGGAGGGGTAGGCCTGCTGGAGATGTAGTGTTGCAGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGTTTGGCGCATCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGG > NC_002947/5709401‑5709696 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |