| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,745,489 | T→C | 8.2% | intergenic (+49/+22) | hutF → / ← PP_5037 | formiminoglutamate deiminase/lipocalin family lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,745,489 | 0 | T | C | 8.2% | 389.5 / 17.9 | 135 | intergenic (+49/+22) | hutF/PP_5037 | formiminoglutamate deiminase/lipocalin family lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/78); new base C (9/2); total (55/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
TGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAAGCCCGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGGTGTGCGCGACA > NC_002947/5745340‑5745638 | tgATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCTTCGT‑GTGCAAGCCCGCGAAGGGt < 1:342631/150‑1 (MQ=255)tgATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAAGCCCGCGAAGGGt < 1:6333057/150‑1 (MQ=255) gATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAAGCCCGCGAAGGGtt < 1:1092254/150‑1 (MQ=255) gATGGTGAAGGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAGGCCCGCGAAGGGtt < 1:502214/150‑1 (MQ=255) aTGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAAGCCCGCGAAGGGTTg < 1:1887122/150‑1 (MQ=255) aTGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAAGCCCGCGAAGGGTTg < 1:4399839/150‑1 (MQ=255) gTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCTTCGC‑GGGCTTGCACGCGAAGGGCTgcaa < 2:2324198/150‑1 (MQ=38) tGACTGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAAGCCCGCGAAGGGTTgcaa‑c < 2:187347/150‑1 (MQ=255) 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gTGCAAGCCCGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCa > 1:5603313/1‑150 (MQ=255) gTGCAAGCCCGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCa < 2:8580846/150‑1 (MQ=255) aaGCCCGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAgtgt < 1:7967426/150‑1 (MQ=255) gCCCGCGTTGGGTCCCAC‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCg < 1:5496773/150‑1 (MQ=255) gCCCGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCg < 2:6317747/150‑1 (MQ=255) gCCCGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCg > 1:2921381/1‑150 (MQ=255) ccGCGATGGTTTCCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGgt < 1:5612096/150‑1 (MQ=255) ccGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGgt > 1:1974385/1‑150 (MQ=255) ccGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGgt > 1:6189644/1‑150 (MQ=255) cgcgAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGgtg > 1:6721420/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) ttGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGGTGTGCGCGACa < 2:1347035/150‑1 (MQ=255) | TGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTT‑GCG‑TTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAAGCCCGCGAAGGGTTGCAA‑CGCAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGGTGTGCGCGACA > NC_002947/5745340‑5745638 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |