Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,764,406 | 0 | T | G | 5.8% | 816.9 / 23.0 | 244 | intergenic (+10/+146) | trmL/secB | tRNA (cytosine(34)‑2'‑O)‑methyltransferase TrmL/protein‑export protein SecB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (76/152); new base G (3/13); total (79/165) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
CCGAGGTGCTGGACAGCCTGCCGGCCGAGCATCGCCTGCGCCTGCCGATGCGGCCGGGGTGCCGTAGCCTGAACCTGTCCAATACGGTGGCGGTGACGGTGTATGAGGCGTGGCGGCAGAACGGGTTTGCCGGGAGCTGATGTGTTGCCTGTGCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGGCCGAGGGAACGGCGCAATCCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCCGCGCCGGCAACAAAAAAGCGCCCCGAGAGGCGCTTTCTTGAAACCGGCAGTA > NC_002947/5764257‑5764550 | ccgAGGTGCTGGACAGCCTGCCGGCCGAGCATCGCCTGCGCCTGCCGATGCGGCCGGGGTGCCGTAGCCTGAACCTGTCCAATACGGTGGCGGTGACGGTGTATGAGGCGTGGCGGCAGAACGGGTTTGCCGGGAGCTGATGTGTTGCCt < 1:8553783/150‑1 (MQ=255) ggTGCTGGACAGCCTGCCGGCCGAGCATCGCCTGCGCCTGCCGATGCGGCCGGGGTGCCGTAGCCTGAACCTGTCCAATACGGTGGCGGTGACGGTGTATGAGGCGTGGCGGCAGAACGGGTTTGCCGGGAGCTGATGTGTTGCCTGTGC < 1:4470858‑M1/150‑1 (MQ=255) ggTGCTGGACAGCCTGCCGGCCGAGCATCGCCTGCGCCTGCCGATGCGGCCGGGGTGCCGTAGCCTGAACCTGTCCAATACGGTGGCGGTGACGGTGTATGAGGCGTGGCGGCAGAACGGGTTTGCCGGGAGCTGATGTGTTGCCTGTGC < 2:7797835‑M1/150‑1 (MQ=255) 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tGGCGGTGACGGTGTATGAGGCGTGGCGGCAGAACGGGTTTGCCGGGAGCTGATGTGTTGCCTGTGCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGGCCGAGGGAACGGCGCAATCCCCTgtaggagcgggtttacccgcgaaga < 2:7883459‑M2/150‑26 (MQ=255) ggCGGTGACGGTGTATGAGGCGTGGCGGCAGAACGGGTTTGCCGGGAGCTGATGTGTTGCCTGTGCGGGCCTCTTTGCGGGTAAACCCGCTCCTACaggggattgcgccgttccctcggcctgcgtaggagcgggtttacccgcgaagag < 2:7262743‑M1/150‑55 (MQ=255) gggtGACGGTTTATGAGGCGTGGCGGCAGAACGGGTTTGCCGGGTGCTGATGTGTTGCCTGTGCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGGCCGCGGGAACGGCGCAATCCCCTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggc > 2:3498547‑M2/2‑122 (MQ=255) cGGGGACGGTGTATGAGGCGTGGCGGCAGAACGGGTTTGCCGGGAGCTGATGTGTTGCCTGTGCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGGCCGAGGGAACGGCGCAATCCCCTgtaggagcggttttacccgcgaagaggc > 2:8638378‑M2/1‑122 (MQ=255) ggTGACGGTGTATGAGGCGTGGCGGCAGAACGGGTTTGCCGGGAGCTGATGTGTTGCCTGTGCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGGCCGAGGGAACGGCGCAAACCCCGggaggagcgggtttacccgcgaagaggcc < 2:939877‑M2/150‑30 (MQ=255) ggTGTATGAGGCGTGGCGGCAGAACGGGTTTGCCGGGAGCTGATGTGTTGCCTGTGCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCAACGCAGGCCGCGGGAACGGCGCAAACCCCGGGAGGAGCGGGGTTTCCCGCGGAGAGGCCCGCGcc > 1:728595/1‑150 (MQ=38) gtgtATGAGGCGTGGCGGCAGAACGGGTTTGCCGGGAGCTGATGTGTTGCCTGTGCGGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCCCTCCTACGCCGGCCGAGGGTACCGCGCAATCCCCAGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCCGCGCCg > 2:1617655/1‑150 (MQ=39) tATGAGGCGTGGCGGCAGAACGGGTTTGCCGGGAGCTGATGTGTTGCCTGTGCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCAACGCAGGCCGAGGGAACCGCGCAAACCCCGGTAGGAGCGGGTTTAACCGCGAAGAGGCCCGCCCCGGca > 2:1413334/1‑150 (MQ=39) cGTGGGGGCCGACCGGTTTTGCGGGGAGCTGATGTGTTGCCTGTGCGGGCCCCTGCGCGGGTAACCCCGCTCCAACGCCGGCCGAGGGACCGGCGCAACCCCCTTTAGGAGCGGCTTTACCCGCGAAGAGGCCCGCGCCGGCAACaaaaa < 2:7270379/150‑1 (MQ=255) ggcggcAGAACCGGTTTGCCGGGAGCTGATGTGTTGACTGTGAGTGCCTCTTCGCCGGTAAAACCGCACCTACGCAGGCCGAGGGAAACGCGCAAAACCCAGAAGGAGCGCGTTTACCAGCGAAGAGGCCCGCGCCGGCAACaaaaaaac > 2:1749368/1‑148 (MQ=255) ccGGGTTTGCCGGGAGCTGATGTGTTGCCTGTGCGGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCACCTCCGCAGGCCGAGGGAACGGCGCAATCCCCTGTCGGAGCGGTTTTACCCGCGAAGAGGCCCGCGCCGGCAACAAAAAAGCGCCCCgaga < 2:7948537/149‑1 (MQ=255) tttGCCGGGAGCTGATGTGTTGCCTGTGCGGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCCCTCCAACCCAGGCCGAGGGAACGGCGCAAAACCCAGTAGGAGCGGGTTTAACCCCCAAGAGGCCCCCGCCCGCAAAAAAAAAACGCCCCCAGATgcgc > 2:290560/1‑150 (MQ=255) tggcGGGTGCTTTTGTTTTGCCTGTGCGGGCCTCTCCGGGGGAAACCCCGCTCCTCCGCTGGCCGCGGGACGGGCGAAACCCCCTTTGGGTGGGGTTTTACCCGCGAAGAGGCCCGCGCCGGCAACAAAAAAGCGCCTCTCGGGGCGCtt < 2:4226082/147‑1 (MQ=255) gggCGCTGATGTGTTGCCTGGGCGGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACGCAGGCGGCGGGACCGGCGCAACCCCCTGTCGGAGGGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCCGCGCCGGCAACAAAAAAGCGCCCCGAGAGGCGCTTTCtt < 2:5662384/150‑1 (MQ=38) ggttttgtgTTGCGGGGGGGGCCCTCTCCGCGGGAAACCCCGCCCCTCCGCCGCCCGGGGGACCGGCGCAACCCCCTGTCGGCGGGTTTGTCCCCGCGAAGAGGCCCGCGCCGGCAACAAAAAAGCGCCCCGAGAGGCGCTTTCTTGaaa < 2:1910660/145‑1 (MQ=255) tgttgggtTGCCTGTGGGGGCCTCTGGGGGTTAAAACCCGCCCCTCCGCCGGCCGCGGCAACGGCCCACCCCCGTGTCGGCGGGGTTTTCCCCGCGACGCGGCCCGCGCCGGCAACAAAAAAGCGCCCCGAGAGGCGCTTTCTTGAAAcc < 2:3829700/144‑1 (MQ=255) ttGCCTGTGCGGGCCTCTTCGCGGGTTAACCCCCGCCAACCCAGGCCCCGGGGCCGGCGCCAACCCCGGTGGGCGCGGGGTTTCCCCCGCCGGGGCCCGCGCCCGCCACAAAAAAGCCCCCCCAGGGGCGCAGTCGTGAAACCGGCAGTa > 2:387445/1‑150 (MQ=255) | CCGAGGTGCTGGACAGCCTGCCGGCCGAGCATCGCCTGCGCCTGCCGATGCGGCCGGGGTGCCGTAGCCTGAACCTGTCCAATACGGTGGCGGTGACGGTGTATGAGGCGTGGCGGCAGAACGGGTTTGCCGGGAGCTGATGTGTTGCCTGTGCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGGCCGAGGGAACGGCGCAATCCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCCGCGCCGGCAACAAAAAAGCGCCCCGAGAGGCGCTTTCTTGAAACCGGCAGTA > NC_002947/5764257‑5764550 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |