| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,821,848 | C→T | 5.0% | intergenic (+29/+100) | PP_5092 → / ← pilT | NLP/P60 protein/twitching motility protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,821,848 | 0 | C | T | 5.0% | 630.6 / 13.3 | 200 | intergenic (+29/+100) | PP_5092/pilT | NLP/P60 protein/twitching motility protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (64/125); new base T (3/7); total (67/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
TCCACGCCGTGGCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCT > NC_002947/5821699‑5821997 | cacgcCGTGGCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCtt > 2:13345/1‑150 (MQ=255) acgcCGTGGCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTc < 1:5969655/150‑1 (MQ=255) cGTGGCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCgg < 1:3570314/150‑1 (MQ=255) 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gcagcTGAGTCTGGCCAAGCTTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAg < 2:1178674/150‑1 (MQ=255) gcagcTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAg < 2:1478655/150‑1 (MQ=255) gcTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCTTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACA‑GGTAtgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgggagcgggcgtgccc < 2:6950125‑M1/129‑51 (MQ=255) gAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCGCCCCCC‑GGGAGCGCGTCGCGCGCGCGCGCAGCTCACATACCGGTGGGGGCGGGCGCGCCCCCGCAACGGCCTTTGCCGGgacga > 2:157971/1‑148 (MQ=255) tgTCTGGCCTAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTAGCGGGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGGGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGtactac < 2:6635972/149‑1 (MQ=255) cAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCttt < 2:3131623/150‑1 (MQ=255) cAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCttt < 2:8797792/150‑1 (MQ=255) gcgcTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCt < 1:6528032/150‑1 (MQ=255) gcTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCA‑GGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATCCCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCa < 1:2625659/150‑1 (MQ=255) gcTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCa < 2:6786338/150‑1 (MQ=255) cGGTACCGGCCCCTTCGCTGGCACGCCCGCTCCCACC‑GGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTATGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTcc < 2:8233230/150‑1 (MQ=255) gTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCC‑GGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGc < 2:4611391/150‑1 (MQ=255) ccGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAAc < 2:3639564/150‑1 (MQ=255) ccGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTAGCGCGGCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCGCGCGCCCTCAGCCTCCGCAAc > 2:4372484/1‑150 (MQ=255) ccccTGCGCGGGCACGCCCGCGCCCACT‑GGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGccc < 1:3691077/150‑1 (MQ=255) cTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACAtacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaggggccggtaccggatagcgccgatcagcttaacgcttggccagactcagctgctgctctttcggc < 2:4204142‑M2/150‑95 (MQ=255) | TCCACGCCGTGGCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCT > NC_002947/5821699‑5821997 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |