Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,875,326 | C→G | 7.6% | intergenic (+82/+52) | PP_5144 → / ← ptsP | hypothetical protein/phosphoenolpyruvate‑dependent regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,875,326 | 0 | C | G | 7.6% | 680.0 / 4.6 | 233 | intergenic (+82/+52) | PP_5144/ptsP | hypothetical protein/phosphoenolpyruvate‑dependent regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (114/93); new base G (6/16); total (124/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.43e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
GGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCC‑AACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCA‑CCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAGGGCCAGTTGCAGCGAGCTGTGGATAACCTGCGGGTTGTCAT > NC_002947/5875180‑5875475 | ggcTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCC‑AACCCCAGATGTGTGTACGTg < 1:5065548/150‑1 (MQ=255) ggcTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCC‑AACCCCAGATGTGTGTACGTg < 1:3830595/150‑1 (MQ=255) gCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCC‑AACCCCAGATGTGTGTACGTGg > 2:1516462‑M2/1‑149 (MQ=255) 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GGCTGGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCC‑AACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCA‑CCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAGGGCCAGTTGCAGCGAGCTGTGGATAACCTGCGGGTTGTCAT > NC_002947/5875180‑5875475 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |