| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 5,875,332 | 0 | A | T | 13.2% | 392.1 / 11.8 | 168 | intergenic (+88/+46) | PP_5144/ptsP | hypothetical protein/phosphoenolpyruvate‑dependent regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (71/60); new base T (11/11); total (88/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
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2:606993/1‑100 (MQ=255) | GGTTGAGCGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAGGGCCAGTTGCAGCGAGCTGTGGATAACCTGCGGGTTGTCATGG > NC_002947/5875184‑5875477 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |