| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,908,823 | 0 | T | G | 11.4% | 676.7 / 5.7 | 259 | intergenic (+74/+33) | PP_5176/spuH | hypothetical protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (126/86); new base G (32/5); total (168/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.43e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
TGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGT‑GCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGCCTGGCG > NC_002947/5908674‑5908972 | ttgCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCtgt < 1:4948677/150‑1 (MQ=255) ttgCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCGCCCACAGGGCTCACCACAACCCAGAAGGCGGT‑GAGGTCCCtgt > 1:7805201/1‑150 (MQ=255) tgCCAATCCCTTGAGGGCTGGGTTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCtgtg < 1:7977265/150‑1 (MQ=255) 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aCCCTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTATGGGAGCGGGCGT‑GCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGACGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGc < 1:1416215/150‑1 (MQ=255) ccTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGT‑GCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGcga > 2:3680221/1‑150 (MQ=255) ccTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGT‑GCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGcga > 1:5938010/1‑150 (MQ=255) ccTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGT‑GCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGcga > 1:7647203/1‑150 (MQ=255) tGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGT‑GCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGcgacg > 2:612651/1‑150 (MQ=255) 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ccTGTGGGAGCGGGCGT‑GCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGCCTgg > 1:3259832/1‑150 (MQ=255) ccTGTGGGAGCGGGCGT‑GCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGCCTgg > 1:7028052/1‑150 (MQ=255) ccTGTGGGAGCGGGCGT‑GCCCGCGAAAGGGCCAGCTCAGGCCGACGCACCCACCTGCGCAGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCATGCGACGACGCTCTACGGCCTgg > 2:8439637/1‑150 (MQ=255) cTGTGGGAGCGGGCGT‑GCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGCCTggc < 1:8452211/150‑1 (MQ=255) cTGTGGGAGCGGGCGT‑GCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGCCTggc > 1:1557639/1‑150 (MQ=255) | TGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGT‑GCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTGAATCGCCTTGCGACGACGCTCTTCGGCCTGGCG > NC_002947/5908674‑5908972 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |