| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,940,562 | C→G | 5.6% | S193W (TCG→TGG) | fau → | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,940,562 | 0 | C | G | 5.6% | 1055.5 / 30.1 | 329 | S193W (TCG→TGG) | fau | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (149/157); new base G (8/12); total (158/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 343 total aligned reads displayed.
GGGCGGTGGCTTCTATGATCGCAGCCTGGCCTACCAGGCGCGTCGGCAAACCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCGGTAGTGACCACACCCAG > NC_002947/5940413‑5940711 | ggCGGTGGCCTCTATGATCGCAGCCTGGCCTACCAGGCGCGTCGGCAAACCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCg < 1:5850949/150‑1 (MQ=255) cTTCTATGATCGCAGCCTGGCCTACCAGGCGCGTCGGCAAACCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCGGACCGTgg < 1:3594616/150‑1 (MQ=255) cTTCTATGATCGCAGCCTGGCCTACCAGGCGCGTCGGCAAACCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCCGAGACCGTgc < 2:8770684/150‑2 (MQ=255) 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cGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCGGTAGTGACCACACCCAg < 2:4634697/150‑1 (MQ=255) | GGGCGGTGGCTTCTATGATCGCAGCCTGGCCTACCAGGCGCGTCGGCAAACCTGGAAAAAACCCTTGCTGCTGGGGCTGGCGCATGAATGCCAGAAGGTCGAGCGGCTGGCGCAGGCCAGTTGGGATGTTCCGCTGCAGGGCACGGTCTCGGACCGTGGCTGGTACCTGGCGCCACGTTGAGCGGCGCCAGCGGGGGGTATCAACGTTGTGGCTGGCTGGCGTCGACCGGCATCTGATAGGCGTTGTCCAGCTTGCGCTCCCAGAAGCCTTGCGCATAACCGGTAGTGACCACACCCAG > NC_002947/5940413‑5940711 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |