| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,948,633 | T→A | 8.4% | intergenic (+36/+49) | PP_5210 → / ← PP_5211 | alcohol dehydrogenase/ChaC‑related protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,948,633 | 0 | T | A | 8.4% | 734.1 / 11.4 | 256 | intergenic (+36/+49) | PP_5210/PP_5211 | alcohol dehydrogenase/ChaC‑related protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (102/124); new base A (14/10); total (120/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
GCAAGTTGAAGCCGCTGGTGTCGCAGACTTATCCACTGGCAGAAGCCGGGGTTGCTATCGAGAAGCTGGGGCAACGGCAGGCTGTGGGTAAGTTGGTGGTGCTGGCCAGGTAAGGCAGTAGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGCGACCGTG‑CAGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGGTTGCTCACACTTCGCGCAGATTGTGGCAACGCCTGAATCGCGCTTCCAGGTTGCGATCGGGCATCTGGTGACTGCGCAGTGCATTCAAGGTCTGCTCGACATACT > NC_002947/5948485‑5948782 | ccacgcgggagtatgtcgatcagaccttgaatgcactgcgcagtcaccagatgcccgatcgcaacctggaagcgcgattcaggcgttgccacaatctgcgcgaagtgtgagcaacctgttcCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTa > 2:4924234‑M1/122‑150 (MQ=255) aaGTTGAAGCCGCTGGTGTCGCAGACTTATCCACTGGCAGAAGCCGGGGTTGCTATCGAGAAGCTGGGGCAACGGCAGGCTGTGGGTAAGTTGGTGGTGCTGGCCAGGTAAGGCAGTAGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACa > 1:3570788/1‑150 (MQ=255) aGTTGAAGCCGCTGGTGTCGCAGACTTATCCACTGGCAGAAGCCGGGGTTGCTATCGAGAAGCTGGGGCAACGGCAGGCTGTGGGTAAGTTGGTGGTGCTGGCCAGGTAAGGCAGTAGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAg < 2:4910277/150‑1 (MQ=255) 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GCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGCGACCGTG‑CAGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGGTTGCTCACACTTCGCGCAGATTGTGGCAACGCCTGAATCGCGCTTCCAGGTTGCGATCGGGCATCTGGTGACTGCGCAGTGCATTCaa > 2:455680‑M1/1‑150 (MQ=255) GCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGCGACCGTG‑CAGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGGTTGCTCACACTTCGCGCAGATTGTGGCAACGCCTGAATCGCGCTTCCAGGTTGCGATCGGGCATCTGGTGACTGCGCAGTGCATTCaa < 1:6081669‑M1/150‑1 (MQ=255) GCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGCGACCGTG‑CAGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGGTTGCTCACACTTCGCGCAGATTGTGGCAACGCCTGAATCGCGCTTCCAGGTTGCGATCGGGCATCTGGTGACTGCGCAGTGCATTCaa > 1:8074042‑M1/1‑150 (MQ=255) CGGGTAAACCCGCTCCTACAGGCGACCGTG‑CAGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGGTTGCTCACACTTCGCGCAGATTGTGGCAACGCCTGAATCGCGCTTCCAGGTTGCGATCGGGCATCTGGTGACTGCGCAGTGCATTCAAg > 1:4964094‑M1/1‑150 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACAGGCGACCGTG‑CAgggtttacccgcgaagaggccgctactgccttacctggccagcaccaccaacttacccacagcctgccgttgccccagcttctcgatagcaaccccggcttctgccagtggataagtct < 1:758802‑M2/150‑120 (MQ=255) GTAAACCCGCTCCTACAGGCGATCGTG‑CAGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGGTTGCTCACACTTCGCGCAGATTGTGGCAACGCCTGAATCGCGCTTCCAGGTTGCGATCGGGCATCTGGTGACTGCGCAGTGCATTCAAGGTc < 2:7664579‑M1/150‑1 (MQ=255) GTAAACCCGCTCCTACAGGCGACCGTG‑CAGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGGTTGCTCACACTTCGCGCAGATTGTGGCAACGCCTGAATCGCGCTTCCAGGTTGCGATCGGGCATCTGGTGACTGCGCAGTGCATTCAAGGTc < 1:465610‑M1/150‑1 (MQ=255) GTAAACCCGCTCCTACAGGCGACCGTG‑CAGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGGTTGCTCACACTTCGCGCAGAGTGTGGCAACGCCTGAATCGCGCTTCCAGGTTGCGATCGGGCATCTGGTGACTGCGCAGTGCATTCAAGGTc < 1:3351994‑M1/150‑1 (MQ=255) ACCCGCTCCTACAGGCGACCGTG‑CAGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGGTTGCTCACACTTCGCGCAGATTGTGGCAACGCCTGAATCGCGCTTCCAGGTTGCGATCGGGCATCTGGTGACTGCGCAGTGCATTCAAGGTCTGCt < 1:3224403‑M1/150‑1 (MQ=255) CCCGCTCCTACAGGCGACCGTG‑CAGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGGTTGCTCACACTTCGCGCAGATTGTGGCAACGCCTGAATCGCGCTTCCAGGTTGCGATCGGGCATCTGGTGACTGCGCAGTGCATTCAAGGTCTGCTc < 2:2208085‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACAGGCGACCGTG‑CAGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGGTTGCTCACACTTCGCGCAGATTGTGGCAACGCCTGAATCGCGCTTCCAGGTTGCGATCGGGCATCTGGTGACTGCGCAGTGCATTCAAGGTCTGCTCg < 1:6041690‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACAGGCGACCGTG‑CAGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGGTTGCTCACACTTCGCGCAGATTGTGGCAACGCCTGAATCGCGCTTCCAGGTTGCGATCGGGCATCTGGTGACTGCGCAGTGCATTCAAGGTCTGCTCg < 1:3970683‑M1/150‑1 (MQ=255) gCTCCTACAGGCGACCGTG‑CAgggtttacccgcgaagaggccgctactgccttacctggccagcaccaccaacttacccacagcctgccgttgccccagcttctcgatagcaaccccggcttctgcc > 1:256653‑M2/1‑21 (MQ=255) gCTCCTACAGGCGACCGTG‑CAGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGGTTGCTCACACTTCGCGCAGATTGTGGCAACGCCTGAATCGCGCTTCCAGGTTGCGATCGGGCATCTGGTGACTGCGCAGTGCATTCAAGGTCTGCTCGAc > 1:5890435/1‑150 (MQ=255) gCTCCTACAGGCGACCGTG‑CAGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGGTTGCTCACACTTCGCGCAGATTGTGGCAACGCCTGAATCGCGCTTCCAGGTTGCGATCGGGCATCTGGTGACTGCGCAGTGCATTCAAGGTCTGCCCggc > 1:113686/1‑148 (MQ=255) tACAGGCGACCGTG‑CAGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGGTTGCTCACACTTCGCGCAGATTGTGGCAACGCCTGAATCGCGCTTCCAGGTTGCGATCGGGCATCTGGTGACTGCGCAGTGCATTCAAGGTCTGCTCGACATACt > 2:6112506/1‑150 (MQ=255) | GCAAGTTGAAGCCGCTGGTGTCGCAGACTTATCCACTGGCAGAAGCCGGGGTTGCTATCGAGAAGCTGGGGCAACGGCAGGCTGTGGGTAAGTTGGTGGTGCTGGCCAGGTAAGGCAGTAGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGCGACCGTG‑CAGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGGTTGCTCACACTTCGCGCAGATTGTGGCAACGCCTGAATCGCGCTTCCAGGTTGCGATCGGGCATCTGGTGACTGCGCAGTGCATTCAAGGTCTGCTCGACATACT > NC_002947/5948485‑5948782 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |