| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,989,452 | G→A | 20.7% | intergenic (+43/+46) | PP_5242 → / ← ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,989,452 | 0 | G | A | 20.7% | 508.8 / 127.4 | 246 | intergenic (+43/+46) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (100/95); new base A (16/35); total (116/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.20e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
CGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCG > NC_002947/5989303‑5989600 | cGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCgg < 2:1536292/150‑1 (MQ=255)cGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCgg < 2:8290327/150‑1 (MQ=255) tCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCGAAGGTCGGGTg > 2:5133111/1‑150 (MQ=255) cTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGt > 2:6586161/1‑150 (MQ=255) tGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTa > 2:4847675/1‑150 (MQ=255) tGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCGGTa > 1:1345639/1‑150 (MQ=255) gTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAg < 2:7449346/150‑1 (MQ=255) aGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAgga < 2:4071574/150‑2 (MQ=38) aGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAgga < 1:4335205/150‑2 (MQ=38) gTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGTCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAgggg < 1:7943435/150‑1 (MQ=255) ttCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGc < 1:1588366/150‑1 (MQ=255) ttCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGc < 2:329979/150‑1 (MQ=255) ttCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGc < 2:3778746/150‑1 (MQ=38) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCgg < 1:8223487/150‑1 (MQ=255) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCgg < 2:7079822/150‑1 (MQ=255) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAGCCGACCGTAGGAGCgg < 1:8111984/150‑1 (MQ=38) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCgg < 2:1147888/150‑1 (MQ=38) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCgg < 1:1837599/150‑1 (MQ=38) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCgg < 2:2031677/150‑1 (MQ=38) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCgg < 2:2607780/150‑1 (MQ=38) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCgg < 1:5733484/150‑1 (MQ=38) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATGCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTCCAGCCGACCGTAGGAGCgg < 2:33881/150‑1 (MQ=38) ggTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCggg < 1:3696686/150‑1 (MQ=255) ggTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCggg < 2:2916502/150‑1 (MQ=38) ggTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGCTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCggg < 2:7889194/150‑1 (MQ=37) gTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGt < 2:7340736/150‑1 (MQ=255) gCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCGGTAGGGGCGGGGTTa > 1:8731241/1‑150 (MQ=255) gCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACCGTCGGCGGTAGGGGCGGGTTTa > 2:1278289/1‑150 (MQ=255) cTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑c < 2:6395528/150‑1 (MQ=255) cTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑c < 2:8658147/150‑1 (MQ=255) tCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTAA‑CCCCCACCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑cc > 2:3688116/1‑150 (MQ=255) tCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCGACGGTCGGCGGGGGGGGCGGGGTTc‑cc > 2:6107941/1‑150 (MQ=39) tCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCgg > 1:4691028/1‑143 (MQ=25) ccAGGGCGGGCAGCTGCTGGCGCTGGTTTCGCAGTTGGGTGGTTGCCGGTTTCGTTTCTGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGaa < 2:2279518/150‑1 (MQ=38) ccACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCGGTAGGGGCGGGGTTA‑CCCGCGaa > 2:3058745/1‑150 (MQ=255) ccACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCGGGAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGac > 1:4270831/1‑149 (MQ=255) cACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCGGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGCag > 2:4725031/1‑150 (MQ=255) gctgctgctGGCGCTGGTGTCGCTGTTGGGTGGTGGCGGGATTGGTGTCTGTCTGCCTTTTAATCACGCTTAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGTTAAA‑CCCGCTCCTACGGTGGGGTTTTGGGGGGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGt < 1:7204303/147‑1 (MQ=25) cAGCTGCTGGCGCTGGGTTCGCTGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTTTCTGTCTGCCTTTGAATCACGCATCGCCTGTGCCGGCATCTTCGCGGGTAAA‑CCGGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTa < 2:7737708/150‑1 (MQ=37) tGCAGGCGCTGGTGTCGTAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTAAGGTCGGCTGGAGGGGCGGGTTTA‑ACCGCGAAGAGGCCAGTACAgg > 2:2202154/1‑150 (MQ=255) cGCTGTTGGGTGGAGGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAAACACGCATCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTGGGCTGTCGGGGCGGTTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGa < 2:1867408/150‑1 (MQ=38) cGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGa < 2:7996363/150‑1 (MQ=255) cGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGa < 2:1345639/150‑1 (MQ=255) cAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAgg > 2:4260668/1‑150 (MQ=255) ttGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCa < 2:6493052/150‑1 (MQ=255) ttGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCAACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCa > 2:8494705/1‑150 (MQ=255) gtgtttGCGGGTTTGGTGTCTGTCTGCTTTTTAATCACGCTTCGCGTGGGCCGGCCTGTTCGGGGGTAAA‑CCCGCTCCTCGGGTGGGGTGTCGGGGGGGTTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAgcgc < 1:8432974/145‑1 (MQ=255) ggATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTATTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTg < 1:8018031/150‑1 (MQ=255) gCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTa < 2:8051786/150‑1 (MQ=255) cGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTACAACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGc > 2:3379921/1‑150 (MQ=255) ggATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCt < 2:1649987/150‑1 (MQ=255) cGTGTCTGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTGCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTCCGGTCGGCTGTCGGGGCGGTTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtca < 1:5628165/150‑1 (MQ=39) gtgtCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGGGGTTGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGTAGAGGCCAGTACAGGTTTACATAAGCGCGAGGCCAGCGCAGCGTAGCTGTtcat > 1:8078812/1‑150 (MQ=38) gtgtCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑ACCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATAAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCGGTtcaa > 2:1941595/1‑149 (MQ=255) tgtCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcatc > 2:5777909/1‑150 (MQ=255) gtCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑ACCGCTCCAAAGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCCCGAAGAGGCCAGTAAAGGTTTAAATAAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTtcataa > 1:4323588/1‑148 (MQ=38) gCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTAGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCAGTTAATCAGGTTGCgg > 2:6851857/1‑150 (MQ=255) cTTTTAATCAGGCATAGCGTGTGCGGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTCGGGTCGGGTGTCGGGGGGGTTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTa < 1:6960097/150‑1 (MQ=38) tttGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAg > 2:4324271/1‑150 (MQ=255) gAACCACGCACCGCCGGGGCCGGCCTCTCCG‑GGGTAAACCCCCCCCCTGGGGGGGGCTGT‑GGGGGGGGTTTACCCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTg < 1:3675171/150‑1 (MQ=255) aaacACGAATTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGGGGTTAAA‑CCCGCTCCTCGGGTGGGCTTTGGGGGCGGTTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgg < 1:2518942/147‑1 (MQ=255) aaTCACGCCTCGCCTGTGCCGGCCACGTCGCGGTTAAA‑CCGGCTCATCCGGGCGGCTGTCGGGGCGGGTTTC‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgg < 1:6234380/150‑1 (MQ=255) aaTCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgg < 2:2393697/150‑1 (MQ=255) aTCCCGCATCGCCTGGGCGGGCCTCTGCGGGGTTAAC‑CCCGCGCCTCGGGGGGGGTGTGGGGGGGGGTTAA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTggg < 1:8315951/150‑1 (MQ=255) tCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCGGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgggg > 2:4951403/1‑150 (MQ=255) tCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCCCTCCTACGGTCGGCGGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTTCAGGTTTACATCAGCGCGGGGCCCGCGCTGCGTAGCGGTGCATCAGGTTGCGGGAGTTgggg > 1:7335295/1‑150 (MQ=37) tCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑ACCGCGACGAAGGTCGGGTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCGGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTgggg > 1:2893566/1‑150 (MQ=38) aCGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑ACCCCTCCGACGGTCGGCTGTTGGGGCGGGTTTA‑ACCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCAGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGAt > 1:6562392/1‑150 (MQ=39) gtgggCCGGCCTCTGGGGGGGTAAC‑CCCGCCCCCCGGGGGGGGGGTTGGGGGGGTTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGa < 1:443264/146‑1 (MQ=255) tgCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGAcag < 2:3566393/150‑1 (MQ=255) gCCGGCCTCTTCGCGGTTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGTTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGAcagc < 1:6513454/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTAccc < 2:1106271/150‑1 (MQ=255) gcgGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCCGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGc > 2:7707424/1‑150 (MQ=255) gcgGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGc > 1:2599105/1‑150 (MQ=255) gcgGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCGGTAGGGGCGGGTTAA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGAGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGAGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGc > 2:4186575/1‑150 (MQ=255) gTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCtt > 1:2758090/1‑150 (MQ=255) gTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCtt > 1:2068671/1‑150 (MQ=255) aaccccGCTCCTCGGGTGGGCTTTCGGGGGGGTTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCg < 1:200573/147‑1 (MQ=255) aa‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGa < 2:5932882/150‑1 (MQ=255) a‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGAt > 2:2438325/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTggg < 2:4133215/113‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 1:681379/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 2:763930/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 1:2135085/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 1:7849871/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATg > 1:5342946/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 2:8723542/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 2:1996402/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 1:3119054/1‑150 (MQ=255) ccGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGt > 2:6565989/1‑150 (MQ=38) gccccTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCg > 1:629700/4‑150 (MQ=37) gccccTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCg > 1:4099818/4‑150 (MQ=38) gccccTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCg > 1:6456616/4‑150 (MQ=38) ccTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGTAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTg < 1:6586161/150‑1 (MQ=255) cTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgc > 2:600342/1‑150 (MQ=255) cTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgc > 1:5053311/1‑150 (MQ=255) tACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgcg > 1:3400061/1‑150 (MQ=255) tACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGATACCCAGCCCTTCGATGTCGTTgcg > 2:5507435/1‑150 (MQ=255) gTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAg > 1:6611506/1‑150 (MQ=255) ggCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGACCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTcg > 2:5501576/1‑150 (MQ=255) | CGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGTCGTTGCGCCAGTCG > NC_002947/5989303‑5989600 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |