Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 6,005,923 | A→T | 5.1% | intergenic (+25/+84) | PP_5256 → / ← amaA | cyclic nucleotide‑binding protein/L‑pipecolate oxidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,005,923 | 0 | A | T | 5.1% | 755.2 / 9.8 | 233 | intergenic (+25/+84) | PP_5256/amaA | cyclic nucleotide‑binding protein/L‑pipecolate oxidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (107/113); new base T (10/3); total (117/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.33e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
GTGGCGAAGTGCAGACGGCGTTGAGCAAATTGCAGCGGTTCCGGCGGCAGAGCCGGGAGTCGTTGTTGTTGCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCG‑C‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAGTAGTGCACCGCCTGAGAGGGCTGTGGTGAACCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACTTACAACACAACCCTCAGGCACTGCCCCGCGTGGTACAGCGAAAAACCGGACTCATAGAACGCTG > NC_002947/6005774‑6006071 | gaggcggacagcctgccgattccgttttcgccgatgagcggtgtgagcgcgccttcgctgcggacagcgttctatgagtccggtttttcgctgtaccacgcggggcagtgcctgagggttgtgttgtaagtactGGCCTCTTCG‑C‑GGGTa < 2:6873931‑M1/16‑1 (MQ=255) gaggcggacagcctgccgattccgttttcgccgatgagcggtgtgagcgcgccttcgctgcggacagcgttctatgagtccggtttttcgctgtaccacgcggggcagtgcctgagggttgtgttgtaagtactGGCCTCTTCG‑C‑GGGTa < 2:6525364‑M1/16‑1 (MQ=255) tGGCGAAGTGCAGACGGCGTTGAGCAAATTGCAGCGGTTCCGGCGGCAGAGCCGGGAGTCGTTGTTGTTGCAGAAGCCGGCTTCAATCAAGAAGGGTGGCTTCCTGAGTTGGTTGCACAAGTGAGCCTGTGCCGGCCTCTTCG‑C‑GGGTaa < 1:3881425/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |