| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 6,037,794 | C→A | 8.1% | intergenic (+53/+83) | dppA‑IV → / ← PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,037,794 | 0 | C | A | 8.1% | 662.2 / 35.8 | 211 | intergenic (+53/+83) | dppA‑IV/PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (77/116); new base A (8/9); total (86/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
CCGACGGCGGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGAT > NC_002947/6037646‑6037941 | ccGACGGCGGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGcc > 2:3471409/1‑150 (MQ=255) gACGGCGGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTg < 1:1011362/150‑1 (MQ=255) aCGGCGGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTgg < 2:4715030/150‑1 (MQ=255) 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tACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAc > 1:1718873/1‑150 (MQ=255) tACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAc > 1:2195550/1‑150 (MQ=255) aCAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAcc > 1:2371103/1‑150 (MQ=255) tggggTTGCGCCAGCTTGTCA‑GTGTTCGCTACCCGTGTTGGAGCGGTTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCaa < 1:1067521/149‑1 (MQ=255) cggggTTGCGCCCGCCTGGCT‑GTTGACGCTACCCCTGTTGGAGGGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCaa < 1:4744177/149‑1 (MQ=255) 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gggTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatg > 1:471321/1‑150 (MQ=255) gTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgat > 1:2697604/1‑150 (MQ=255) gcgcCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgat > 1:3739350/1‑150 (MQ=255) gcgcCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCACTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgat > 2:8794694/1‑150 (MQ=255) cccccACCCCGGCA‑GTAGACGCTACCCCTGTAGGACCGGCTTAACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAACGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgat < 2:5468313/147‑1 (MQ=255) cgcCAGCGTGGCA‑GTTGACGCTACCGCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgatg < 2:1458175/150‑1 (MQ=255) gcCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGAtgt > 1:6848620/1‑150 (MQ=255) gcCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGAtgt > 1:2388700/1‑150 (MQ=255) gcCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGAtgt > 1:3079280/1‑150 (MQ=255) ccAGCCTGGCT‑GTTGACGCTACCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACACTCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGAtgtg < 2:6564903/150‑1 (MQ=255) ccAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGAtgtg > 2:8578131/1‑150 (MQ=255) aGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGAt > 2:2427073/1‑150 (MQ=255) | CCGACGGCGGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGAT > NC_002947/6037646‑6037941 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |