Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 6,037,802 | T→C | 8.4% | intergenic (+61/+75) | dppA‑IV → / ← PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,037,802 | 0 | T | C | 8.4% | 584.3 / 31.0 | 206 | intergenic (+61/+75) | dppA‑IV/PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (73/105); new base C (8/9); total (91/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.01e-01 |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
GGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGCACCC > NC_002947/6037654‑6037950 | ggcgACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑Gtt < 2:7226997/150‑1 (MQ=255) ggcgACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑Gtt < 1:5769073/150‑1 (MQ=255) gACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGAc > 2:910366/1‑150 (MQ=255) 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tgctgcGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTAc < 2:6786484/150‑1 (MQ=255) tgctgcGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTAc < 2:822625/150‑1 (MQ=255) tgctgcGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTAc < 2:5332842/150‑1 (MQ=255) tgcGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTAcccc > 2:2814940/1‑150 (MQ=255) gcgcCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCt < 2:5130208/150‑1 (MQ=255) 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cAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCCCACCAAAAGGGGTAGCGCCCGCCGGGCA‑GTTTAAGCGACCCCAGTAg > 1:2526964/1‑150 (MQ=255) aaGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAgg < 1:5695075/150‑1 (MQ=255) gCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGc < 1:4204530/150‑1 (MQ=255) gTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCCAGGTGACGGTGACCAAGGAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCgg < 1:5450088/150‑1 (MQ=255) gTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCgg < 2:134980/150‑1 (MQ=255) 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gggCGGCTGGATTTCCGCACGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCGTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCCGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGa < 2:6287494/150‑1 (MQ=38) gcTGGATTTCACCAAGGTCACGGTCACCAACTAACCCTCTACCGGCCTCTACGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCCCCAGCCTCCCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGTTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCta < 2:2555198/150‑1 (MQ=25) tGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCtata > 2:6248928/1‑150 (MQ=255) gtttttCAGCATGGTTACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGGGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCT‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATaa < 2:7523402/147‑1 (MQ=38) gCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCa < 2:8676111/150‑1 (MQ=255) gCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCa < 2:8005328/150‑1 (MQ=255) ccAAGGTGACGGTGACCAATTATGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCCGGGTTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGAGGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCa < 2:3189800/149‑1 (MQ=38) catggtgacggtgacAATGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGGGGGTAAACCCGCGCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑TTTGACGCTACCCCGGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAg < 2:1131890/147‑1 (MQ=38) cAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCGACAGGGGTAGCGCCAGCCAGGCA‑GGTGACGCTACCCCGGTAGGTGCGGGTTTA‑ACCGCGCAAGGGCCCGTACTGACCCGATAAGGCTCGCAg > 1:592830/1‑150 (MQ=255) cAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCACCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCGGTAGGAGCGGGTTTA‑ACCCCGAAAGGGCCCCTACAGACCCGATAAGGCTCTCAg > 1:1984937/1‑150 (MQ=38) 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tACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAc > 2:8441070/1‑150 (MQ=255) accggggTAGCCCCAGCCTGCCA‑GTTGACGCAACCCCTGAAGCAGCGGTTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAcc < 2:2952277/147‑1 (MQ=255) tgggtTAGCGCCAGCCTGGAT‑TTTGACGCTACCCCTTTTGGAG‑GGGTTTACCCCGCTAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCaa < 1:1067264/149‑1 (MQ=255) aGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCaa > 2:7285318/1‑150 (MQ=255) ggggTTGCGCCCGCCTGGCT‑GTGGCCGCTACCCGTGTTGGGGGGGTTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAat < 1:2210613/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |