| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 6,037,805 | A→G | 9.1% | intergenic (+64/+72) | dppA‑IV → / ← PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,037,805 | 0 | A | G | 9.1% | 557.5 / 32.7 | 205 | intergenic (+64/+72) | dppA‑IV/PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (79/98); new base G (9/9); total (91/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.07e-01 | |||||||||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
CGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGCACCCGCAC > NC_002947/6037656‑6037954 | cgACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGa < 2:4593085/150‑1 (MQ=255) gACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGAc > 2:910366/1‑150 (MQ=255) gACCGTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGAc < 2:7279087/150‑1 (MQ=255) 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tCCTACTGGGTGAGCGCCCGCCGGGCA‑GTTGACGCTCCCCCTGTCGGCGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCAt < 1:1173168/150‑1 (MQ=255) cccTACGGGGGTCGCGCCCGCCGGGCA‑GTTGCCGCTCCCCCGGACGTCGGGGTTTAA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCAt < 1:81090/149‑1 (MQ=255) ccTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATc < 2:4317810/150‑1 (MQ=255) tACAGGGGTAGCGTCA‑ACTGCCAGGCTGGCGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAc > 1:467042/1‑150 (MQ=25) tACAGGGGTAGCGTCA‑ACTGCCAGGCTGGCGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAc > 2:1671682/1‑150 (MQ=25) tACAGGGGTAGCGTCA‑ACTGCCAGGCTGGCGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAc > 1:47510/1‑150 (MQ=25) tACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAc > 2:8441070/1‑150 (MQ=255) tgggtTAGCGCCAGCCTGGAT‑TTTGACGCTACCCCTTTTGGAG‑GGGTTTACCCCGCTAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCaa < 1:1067264/149‑1 (MQ=255) ggggTTGCGCCCGCCTGGCT‑GTGGCCGCTACCCGTGTTGGGGGGGTTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAat < 1:2210613/150‑1 (MQ=255) ggggTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAat > 1:1467031/1‑150 (MQ=255) gggTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatg > 1:5272742/1‑150 (MQ=255) gggTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatg > 1:665392/1‑150 (MQ=255) gTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgat > 1:2697604/1‑150 (MQ=255) gcgcCAGCCTGGCT‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgat < 2:8381482/150‑1 (MQ=255) gcgcCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgat > 1:3739350/1‑150 (MQ=255) cgcCTGCCTGGCT‑GTTGACGCTACCCCTGTTGGAGCGGTTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgatg < 2:1458135/150‑1 (MQ=255) cgcCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgatg > 1:7571458/1‑150 (MQ=255) gcCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGAtgt > 1:6848620/1‑150 (MQ=255) ccAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGAtgtg < 2:6564937/150‑1 (MQ=255) aGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGAt > 2:2427073/1‑150 (MQ=255) 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cA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGCAc > 1:852943/1‑150 (MQ=255) a‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGCAcc < 2:8361447/150‑1 (MQ=255) | CGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGCACCCGCAC > NC_002947/6037656‑6037954 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |