Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,134,181 | A→G | 6.3% | intergenic (+38/+29) | PP_5376 → / ← PP_5377 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,134,181 | 0 | A | G | 6.3% | 1230.6 / 45.0 | 398 | intergenic (+38/+29) | PP_5376/PP_5377 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (163/208); new base G (11/14); total (175/223) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.78e-01 |
Only 100 of 419 total aligned reads displayed.
CCGGGGAAGCTGTGACGTGATGCCTGCGCAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCGCGCAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGGAGAGCCTGCCGGCATACCTGGG > NC_002947/6134032‑6134330 | ccGGGGAAGCTGTGACGTGATGCCTGCGCAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCGCGCAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTaaaa < 1:6471970/150‑1 (MQ=255) gAAGCTGTGACGTGATGCCTGCGCAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCGCGCAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGcc < 1:4274349/150‑1 (MQ=255) cTGTGACGTGATGCCTGCGCAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCGCGCAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGttt < 2:1876329/150‑1 (MQ=255) cTGTGACGTGATGCCTGCGCAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCGCGCAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGttt < 1:6961049/150‑1 (MQ=255) gACGTGATGCCTGCGCAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCGCGCAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGt < 1:4492088/150‑1 (MQ=255) aCGTGATGCCTGCGCAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCGCGCAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGtt < 2:3149788/150‑1 (MQ=255) gATGCCTGCGCAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCGCGCAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGa > 1:7364457/1‑150 (MQ=255) gATGCCTGCGCAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCGCGCAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGa > 2:6273022/1‑150 (MQ=255) aTGCCTGCGCAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCGCGCAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTgggga > 2:8269913/1‑148 (MQ=255) aTGCCTGCGCAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCGCGCAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGaa > 1:4940442/1‑150 (MQ=255) gCCTGCGCAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCGCGCAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAACAGCGCCGTTTGCGTTGGGaaaa < 1:5095323/150‑1 (MQ=255) gCCTGCGCAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCGCGCAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGaaaa < 1:5876396/150‑1 (MQ=255) ccTGCGCAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCGCGCAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAAc < 1:6721289/150‑1 (MQ=255) cTGCGCAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCGCGCAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACg > 1:1033136/1‑150 (MQ=255) tGCGCAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCGCGCAGCTGGCGTCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACgg > 1:2474349/1‑150 (MQ=255) gcgcAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCGCGCAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTGAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGt < 2:4583396/150‑1 (MQ=255) cgcAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCGCGCAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTg < 1:6130344/150‑1 (MQ=255) cgcAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCGCGCAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTg < 1:5270360/150‑1 (MQ=255) 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aTCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGAc > 1:3574117/1‑150 (MQ=255) gCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGACAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATga < 1:1176045/150‑1 (MQ=255) gCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATga < 1:3209712/150‑1 (MQ=255) gCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATga < 1:395583/150‑1 (MQ=255) cacaaTTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATgaga < 2:5383177/147‑1 (MQ=255) aaaaTTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATgagag > 1:7855709/1‑150 (MQ=255) aaaaTTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATgagag > 2:7283324/1‑150 (MQ=255) aTTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGaca < 2:1033136/150‑1 (MQ=255) aTTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGaca > 1:6237544/1‑150 (MQ=255) gAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCa > 1:873571/1‑150 (MQ=255) 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aaaCGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGga < 1:77844/150‑1 (MQ=255) aaaCGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGga > 1:7471320/1‑150 (MQ=255) aaCGCAAACGGCGCTTTTAAGGCGCCGTTTTCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACtt < 2:2331139/138‑1 (MQ=39) aaCGCAAACGGCGCTTTTAAGGCGCCGTTTTCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACtt > 1:2331139/1‑138 (MQ=39) aaCGCAAACGGCGCTTTTAAGGCGCCGTTTTCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGgag > 1:3883820/1‑150 (MQ=39) aCGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGgaga < 2:1327758/150‑1 (MQ=255) gAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGGAGAGc > 1:3378804/1‑150 (MQ=255) gAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGGAGAGc > 1:4329831/1‑150 (MQ=255) aaaCGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGGAGAGCCt > 2:5237543/1‑150 (MQ=255) aCGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGGAGAGCCTGc < 2:6032153/150‑1 (MQ=255) gcCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGGAGAGCCTGCCGGCa > 2:5431624/1‑150 (MQ=255) ttAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGGAGAGCCTGCCGGCATAc < 2:1486570/150‑1 (MQ=255) ttAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGGAGAGCCTGCCGGCATAc > 2:591829/1‑150 (MQ=255) ttAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGGAGAGCCTGCCGGCATAc > 2:8399807/1‑150 (MQ=255) aaaGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGGAGAGCCTGCCGGCATACCTg > 2:6218527/1‑150 (MQ=255) aaGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGGAGAGCCTGCCGGCATACCTgg < 1:5529101/150‑1 (MQ=255) aGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGGAGAGCCTGCCGGCATACCTggg < 2:7477098/150‑1 (MQ=255) | CCGGGGAAGCTGTGACGTGATGCCTGCGCAAATGACCTATGAAGACTCGACAGGCAAGCTCAACATTCTCGAATACCGCGCAGCTGGCATCAATTGCCGCGGCCAAAATTGAGCTCTGAATGCTGTCCAAACGAAAACGGCGCCTTAAAAGCGCCGTTTGCGTTGGGAAAACGGTGGGTCAGTGGCCTGGATACTCTGCAACCACTTCATCCCGTCCGCTCTTGTTGAGACCGATGACCTGGTATGCATGAGAGACACCATCCACTTCCATACCTGGAGAGCCTGCCGGCATACCTGGG > NC_002947/6134032‑6134330 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |