Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 524,177 | T→G | 6.1% | intergenic (+41/‑775) | tyrS → / → PP_16SC | tyrosine‑‑tRNA ligase/16S ribosomal RNA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 524,177 | 0 | T | G | 6.1% | 633.2 / 4.0 | 215 | intergenic (+41/‑775) | tyrS/PP_16SC | tyrosine‑‑tRNA ligase/16S ribosomal RNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/145); new base G (16/2); total (66/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.30e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
GTTGATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTGAGACATT > NC_002947/524029‑524326 | ttGATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAg < 2:1704022/150‑1 (MQ=255) gATGGTGCAGTGGTCGACAATGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGc < 2:3140314/150‑1 (MQ=255) gATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGG‑CCGG‑TAGGc > 2:7820840/1‑150 (MQ=255) gATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGc < 1:5078243/150‑1 (MQ=255) tGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGG‑GCGG‑Tggggca > 1:7059563/1‑147 (MQ=255) tGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTGTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCCG‑TAGGcca > 2:8750061/1‑149 (MQ=255) tGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGCCTccc < 1:3123440/150‑1 (MQ=255) tGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGCCAccc > 2:5725998/1‑150 (MQ=255) gCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGCCTcccc < 1:6311006/150‑1 (MQ=255) aGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCTA‑CCGGCCTCCCCGc < 1:1873713/150‑1 (MQ=255) tGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGTTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGTTGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCTA‑CCGGCCTCCCCGC‑tt < 1:7326790/150‑1 (MQ=255) ggTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAGGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATAGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGCCTCCCCGC‑ttt < 2:4147048/150‑1 (MQ=255) gTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGTGG‑CCGG‑TAGGCCGACCCGC‑attt > 1:8040716/1‑149 (MQ=255) aCAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGG‑GCCG‑GAGGGCACCCCCC‑CGTGtttt > 1:1984506/1‑150 (MQ=255) cAAGGGCTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CGCG‑TAGGCCACCCCCC‑GGTGttttt > 2:8212156/1‑150 (MQ=255) aaGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGTGG‑CCGG‑TAGGCCTCCCCCC‑CTTGtttttt > 2:1534495/1‑149 (MQ=255) aaGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGG‑CCGG‑GAGGCCTCCCCCC‑GGTTTTTTTg > 2:1863629/1‑150 (MQ=255) cTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCCAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGtt < 2:5052173/150‑1 (MQ=255) 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aTGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCTTTTGGCCGGGTTACCCTCACGGCTGAGTGATTGCCTGTTTGGTGTAGCTATATCGAAGG‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTtggt < 1:5225846/150‑1 (MQ=39) aTGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTtggt < 1:1435410/150‑1 (MQ=255) tGTTTGTCCTTGGTGCTACCCTTGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCACGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATCGAAGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTtggtg < 1:4893448/150‑1 (MQ=255) tttGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTTggtggt < 2:6818264/150‑1 (MQ=255) gTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGG‑CCGG‑TAGGCCACCCCCCAGTGGTTTTTGGGGTTTGG‑GGTTgg > 2:5237196/1‑149 (MQ=255) 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ggTGCTACCCCTGTGTGCCAAGCGGGCAATAAGTCGTTTGGCGGGGTTACCCTCAAGGCTGTGTGTTTGCCTGGTTGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TTGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCtgttgt < 1:5302142/150‑1 (MQ=38) gtgcgccccATGTGGGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATGGCCTGGAGGGTGTAGCTATATAGACGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTGGGGGGTTGCTGTTGTa < 2:5748606/144‑1 (MQ=38) cTACCCATGTGTGCCACGCGGGCAATAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTAATGGGTGTGTGATTGCCTGGATGGTGTAGATATATAGCCGG‑GGGGGGG‑CCGG‑TCGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTaggg < 1:439069/150‑1 (MQ=37) ccATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGGGG‑CCGG‑TATGCCGCCCCGCGGTGGTTTTTGGGGTTT‑GTGGTTGGTGGTGTtggggggg > 2:6891945/1‑148 (MQ=255) cATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTagggggagg < 2:5973883/150‑1 (MQ=255) 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tttGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGt < 2:2440814/150‑1 (MQ=255) tttGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGt < 2:5767493/150‑1 (MQ=255) tGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGACGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTga < 2:5415731/150‑1 (MQ=255) gggCCGGGTTACCCTCATGGCTGTGTGATGGCCGGGCTGGTGTAGCTATATCGACGG‑GGGGCGG‑CGGG‑TCGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCGGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTga < 1:2648824/149‑1 (MQ=37) cggtgTTACCCTCATGGCTTTTTTATTGCGTGGAGGGTTTAGCTATTTAGATGG‑GGGGAGG‑CGGT‑TTGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGAt < 1:3174021/146‑1 (MQ=21) 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ggATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTga < 2:8631336/150‑1 (MQ=255) ggATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTga < 2:5820382/150‑1 (MQ=255) ggAGGGGGTAGCTATATCGACGG‑GGGGCGG‑CCGG‑GAGGCCGCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTga < 1:7668065/150‑1 (MQ=21) ggTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATc < 2:2323020/150‑1 (MQ=255) tttAGATATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGa < 1:6495244/148‑1 (MQ=255) 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gC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGCC‑CCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCg < 2:6683948/150‑1 (MQ=255) gggAGG‑CCGG‑TAGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGc > 2:2862799/1‑150 (MQ=255) gggAGG‑CCGG‑TAGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGc > 2:192179/1‑150 (MQ=255) aGG‑CCGG‑TAGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTg < 2:1422411/150‑1 (MQ=255) gg‑CCGG‑TAGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTga < 2:5520102/150‑1 (MQ=255) 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gg‑TAGGCCTCCCCGC‑ATTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGGTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTGAGACa < 1:3510215/150‑1 (MQ=255) tAGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTGAGACAtt < 1:1653605/150‑1 (MQ=255) | GTTGATGGTGCAGTGGTCGACAAGGACTTCATGTTTGTCCTTGGTGCTACCCATGTGTGCCAAGCGGGCAAGAAGTCGTTTGGCCGGGTTACCCTCAAGGCTGAGTGATTGCCTGGATGGTGTAGCTATATAGAAGC‑GGGGAGG‑CCGG‑TAGGCCTCCCCGC‑TTTGTTTTTGGGGTTTGGTGGTTGCTGTTGTAGGGGGAGGGGGCTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCGGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGTCCGGCTTGAGACATT > NC_002947/524029‑524326 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |