| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 670,788 | C→T | 6.0% | Q743* (CAG→TAG) ‡ | pbpC → | peptidoglycan glycosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 670,788 | 0 | C | T | 6.0% | 1358.7 / 48.3 | 429 | Q743* (CAG→TAG) ‡ | pbpC | peptidoglycan glycosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (171/232); new base T (7/19); total (178/251) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 431 total aligned reads displayed.
GCAGGCGCCGGCCAGTGCACCACCGCTGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCGTTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGCCAGCCGTTGGGTGAAACCCAGGGGCAGGACAGCTTGTTGCTGCGTTTGCCACAGGTCGGGCAGGCCGAACTCAGCGCGCTGGACGAAAGCGGTCAGACGGCGCGGGTGGCGTTCCAGGTCAGTGAGTAGGTGTTCGACGACAGCCGGGCC > NC_002947/670640‑670937 | agcggCGCCGGCCAGTGCACCACCGCTGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCGTTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGCCa > 2:7543069/4‑150 (MQ=255) cAGGCGCCGGCCAGTGCACCACCGCTGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCGTTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGCCAg > 1:6050945/1‑150 (MQ=255) gcgcCGGCCAGTGCACCACCGCTGTCGATCGTCGGCGTGCGCCCAGGCGACAATCTGCGCCGCCCGGCCACCAGCACTGAGCCGTTGCAATTGCAGGTATCTGCCTTGGGTGGTGGTGGACGGCGCTGGTGGTTCCTCAACGGCCAGCCg > 2:3741567/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |