| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 740,540 | A→C | 6.6% | A30A (GCT→GCG) | pilC ← | type IV fimbrial assembly protein PilC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 740,540 | 0 | A | C | 6.6% | 2291.8 / 11.2 | 801 | A30A (GCT→GCG) | pilC | type IV fimbrial assembly protein PilC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (390/330); new base C (3/78); total (393/408) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.79e-21 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 815 total aligned reads displayed.
ACGCCGGCCTTGAGCAACGTCGCCAACTGCCGGCTGAACCCCGCCGGGTCAGCCTTTTCGCGCCGCTTTGGCAAGCTGAACGCCAGCCCGCTGGCCGGCCGCAAACTCGCCACCGTGATGCCCTGGCGAATCAGCCCGGCGCGCACATAAGCCGGGCTGCGCCCGGGTGTTTGGCCGCTGACCGGCGCGCCGTTGGCGTCGGTGCCGTGCCAGTGGTAGAGAAGTGAAGATGAAGTCATGCAAAGGTCCTTGTTCAGCCCCGGCGACAAGCCTGGAAACAGCTTGCCGCGTCCATGCAA > NC_002947/740391‑740689 | aCGCCGGCCTTGAGCAACGTCGCCAACTGCCGGCTGAACCCCGCCGGGTCAGCCTTTTCGCGCCGCTTTGGCAAGCTGAACGCCAGCCCGCTGGCCGGCCGCAAACTCGCCACCGTGATGCCCTGGCGAATCAGCCCGGCGCGCACATaa > 2:489775/1‑150 (MQ=255)aCGCCGGCCTTGAGCAACGTCGCCAACTGCCGGCTGAACCCCGCCGGGTCAGCCTTTTCGCGCCGCTTTGGCAAGCTGAACGCCAGCCCGCTGGCCGGCCGCAAACTCGCCACCGTGATGCCCTGGCGAATCAGCCCGGCGCGCACATaa > 2:5692586/1‑150 (MQ=255) ccGGCCTTGAGCAACGTCGCCAACTGCCGGCTGAACCCCGCCGGGTCAGCCTTTTCGCGCCGCTTTGGCAAGCTGAACGCCAGCCCGCTGGCCGGCCGCAAACTCGCCACCGTGATGCCCTGGCGAATCAGCCCGGCGCGCACATAAGcc > 1:399889/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |