| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 975,290 | A→T | 5.2% | intergenic (+136/+33) | ycfJ → / ← suhB | flagella biosyntheis regulator/bifunctional inositol monophosphatase/glycerol‑2‑phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 975,290 | 0 | A | T | 5.2% | 1724.2 / 52.2 | 580 | intergenic (+136/+33) | ycfJ/suhB | flagella biosyntheis regulator/bifunctional inositol monophosphatase/glycerol‑2‑phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (297/224); new base T (20/11); total (319/261) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 590 total aligned reads displayed.
AAGCGGGTCAGTGATTTGCGGTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGATCCTACAGGGGCAATGCGATCCATGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGTCGGTACAGGCCACGCAAAACCACCAGGCACAAAAAAGCACCTCAAGAGGTGCTTTTTGTTTGCCGGCAATCTGCGCTTAGCGCTTCATGCTTTCTGGCAGGTGCGGCTGGATGGCAGTCAGTACCGCCTTGAAGCACTTGATGTTGCCTGCAACGATGTGGCCTTTGTCGAGGAAGTCGTGGCCACCGTTGAA > NC_002947/975141‑975439 | tttttttGGGTTGTCTGTGCCGGCCTCTCCGGGGCTAA‑ACCCTAGCCTCCGGGGGAAAGGCCACCATTGTCGCCG‑GGGTTTACCCCGCGAAGAGGTCGGTACAGGCCACGCAAAACCACCAGGCACAAAAAAGCACCTCAAGAGGTGCtt < 1:2300458/146‑1 (MQ=255) ttttGGGGTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGTTAA‑ACCCGATCCTACAGGGGCAATGCGATCCTTGTAGGAGCGGTTTTA‑CCCGCGAAGAGGTCGGTACAGGCCACGCAAAACCACCAGGCACAAAAAAGCACCTCAAGAGGTGCttttt < 2:2532208/149‑1 (MQ=255) aTTTGCGGTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAA‑ACCCGATCCTACAGGGGCAATGCGATCCATGTAGGAGCGGGTTTA‑CCCGCGAAGAGGTCGGTACAGGCCACGCAAAACCACCAGGCACAAAAAAGCACCTCAAGAGGTGCttttt < 2:7159265/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |