Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,107,605 | A→C | 7.7% | Q31H (CAA→CAC) | ttg2E → | toluene‑tolerance protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,107,605 | 0 | A | C | 7.7% | 1312.9 / 7.7 | 458 | Q31H (CAA→CAC) | ttg2E | toluene‑tolerance protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (294/86); new base C (2/46); total (296/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.49e-24 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 545 total aligned reads displayed.
CGGCGAAGTGGCCAAGGCCAAGCAGGCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGATGGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGCGTGCGAGGTGCGTGGCAT > NC_002947/1107456‑1107754 | cGGCGAAGTGGCCAAGGCCAAGCAGGCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCgcaagcaa < 1:1392448/150‑1 (MQ=255) gAAGTGGCCAAGGCCAAGCAGGCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCCTGCGCAAgcaaggca < 1:8413157/150‑1 (MQ=255) aGTGGCCAAGGCCAAGCAGGCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAgcaaggcaag < 2:6878643/150‑1 (MQ=255) ccaaggccaagCAGGCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCt > 1:6801080/1‑150 (MQ=255) caaggccaagCAGGCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTg > 2:8784266/1‑150 (MQ=255) aaggccaagCAGGCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGa > 1:3067927/1‑150 (MQ=255) aggccaagCAGGCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGAt > 1:8007920/1‑150 (MQ=255) ggccaagCAGGCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATc > 1:2900393/1‑150 (MQ=255) caagCAGGCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCGGATCGAt > 1:6443975/1‑150 (MQ=255) gCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGATGGCTcgc < 1:3329339/150‑1 (MQ=255) gCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGATGGCTcgc > 2:6087594/1‑150 (MQ=255) gCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGAGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCTATGGCTcgc > 1:7731163/1‑150 (MQ=255) tGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGATGGCTcgcgc > 1:483551/1‑150 (MQ=255) gCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGATGGCTcgcgcg < 1:7535197/150‑1 (MQ=255) ccGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGATGGCTCGCGCGa < 1:4397875/150‑1 (MQ=255) ccGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGATGGCTCGCGCGa > 2:5768773/1‑150 (MQ=255) cGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGATGGCTCGCGCGAg < 1:5476147/150‑1 (MQ=255) cGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGATGGCTCGCGCGAg > 2:3510748/1‑150 (MQ=255) 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gccgCGGCCCGGCCTGGCCCCAGCCCGCCATGGTGGTGCTGGTGGGCCCGCGCGCCCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTg < 2:2914787/147‑1 (MQ=255) gCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGATGGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGCTGCTCAGGCCACTGGCa > 2:6222560/1‑150 (MQ=255) cggcccggccGGGCGCAAGCTAGGCTTGGTGCTGCTGGTTGGCTGGCGCGCGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCaa < 1:5847602/150‑1 (MQ=255) ggcccggcgTGGCGCAAGCACGGCATGGGGCGGATCGTGGGCGCGCGCGCGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAg < 2:6528169/150‑1 (MQ=255) ggcccggccGGGCCCAACCACGGCTCGGTGGTGATGGTGGGCCCGCGCGCCCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAg < 2:1103763/150‑1 (MQ=255) gcccggccTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGATGGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAgg > 1:1651091/1‑150 (MQ=255) cggggccTTGCCCAAGCTCGTCTTGGTGCTGTGCGTGGGGGCGCGCGCCCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGc < 2:3296849/147‑1 (MQ=255) cccggccTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGATGGCTCGCGCGAGCAGCGACTGGTGCTTGAATGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGc > 2:3664704/1‑150 (MQ=255) cccggccTGGCTCAAGAATGGCATGGTGATTATCTTTGGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGc < 2:5005690/150‑1 (MQ=255) gcgttGCGCACGCACGGCACGGTGTTGTTCGATGGCTCGCGCTCGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGCGTGc < 2:1350874/147‑1 (MQ=255) gccTTGCGCACTCACGGCTCGGTGCTGAGCGTGGGCCCGCGCGCCCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGCGTGc < 2:1020708/150‑1 (MQ=255) cTTGCGCACGCACGGCTTGGTGCTGACGGAGGGCCCGGGCGCCCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGCGTGCGa < 2:8452614/150‑1 (MQ=255) ttGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGATGGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGCGTGCGAg > 1:5300117/1‑150 (MQ=255) ttGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGATGGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGCGTGCGAg > 1:1821835/1‑150 (MQ=255) gcaagcaaGGCAAGGTGCTGATCGATGGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGCGTGCGAGGTGc > 2:5095923/1‑150 (MQ=255) 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gcaaggcaagGTGCTGATCGATGGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGCGTGCGAGGTGCGTgg > 2:8681280/1‑150 (MQ=255) aggcaaggTGCTGATCGATGGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGCGTGCGAGGTGCGTGGCAt > 2:4211592/1‑150 (MQ=255) | CGGCGAAGTGGCCAAGGCCAAGCAGGCTGCCGACAACTCGCCAGAGAAGAGCGTCAAATGAGTGAGGCCGCTGTAAGCATGGCAGAGCCAGGCGTGCTGCGTCTGACTGGCGTGCTGGACTACCGCAGCGGCCCGGCCTTGCGCAAGCAAGGCAAGGTGCTGATCGATGGCTCGCGCGAGCCGCGACTGGTGCTTGATTGCTCGGCTGTCGAGAAGTCGTCGAGTGTTGGCCTGTCGCTACTGCTGGCGTACATGCGGGATGCTCAGGCCACTGGCAAGGCGTGCGAGGTGCGTGGCAT > NC_002947/1107456‑1107754 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |