| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,253,169 | T→C | 6.0% | intergenic (+27/+41) | argG → / ← PP_1089 | argininosuccinate synthase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,253,169 | 0 | T | C | 6.0% | 2596.5 / 92.0 | 818 | intergenic (+27/+41) | argG/PP_1089 | argininosuccinate synthase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (447/321); new base C (29/20); total (477/341) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 830 total aligned reads displayed.
GCCAACATCGCCACCTTTGAAGAAGATGGTGGTGCCTACAACCAGGCAGATGCTGCTGGCTTCATCAAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTCACATCATCGCCCTCGAGTGCGCTGATCGAAAGCTGCGCACATTGACGTCTGTCCAGATTACAAAAGCGCCAGACGCGCG‑CTGGCTCGGGCGGTT > NC_002947/1253020‑1253319 | cAACATCGCCACCTTTGAAGAAGATGGTGGTGCCTACAACCAGGCAGATGCTGCTGGCTTCATCAAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCg > 1:1538134/1‑150 (MQ=255) cAACATCGCCACCTTTGAAGAAGATGGTGGTGCCTACAAACAGGCAGATGCTGCTGGCTTCATCAAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCg > 2:8777018/1‑150 (MQ=255) aTCGCCACCTTTGAAGAAGATGGTGGTGCCTACAACCAGGCAGATGCTGCTGGCTTCATCAAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTcc > 1:2933060/1‑150 (MQ=255) tCGCCACCTTTGAAGAAGATGGTGGTGCCTACAACCAGGCAGATGCTGCTGGCTTCATCAAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCg > 2:8369712/1‑150 (MQ=255) tCGCCACCTTTGAAGAAGATGGTGGTGCCTACAACCAGGCAGATGCTGCTGGCTTCATCAAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCg < 1:5430071/150‑1 (MQ=255) tCGCCACCTTTGAAGAAGATGGTGGTGCCTACAACCAGGCAGATGCTGCTGGCTTCATCAAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCg > 2:2493240/1‑150 (MQ=255) cGCCACCTTTGAAGAAGATGGTGGTGCCTACAACCAGGCAGATGCTGCTGGCTTCATCAAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCgg < 1:3935519/150‑1 (MQ=255) cGCCAACTTTGAAGAAGATGGTGGTGCCTACAACCAGGCAGATGCTGCTGGCTTCATCAAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCgg > 1:1026869/1‑150 (MQ=255) gCCACCTTTGAAGAAGATGGTGGTGCCTACAACCAGGCAGATGCTGCTGGCTTCATCAAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCggg < 1:3716166/150‑1 (MQ=255) ccACCTTTGAAGAAGATGGTGGTGCCTACAACCAGGCAGATGCTGCTGGCTTCATCAAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCgggg > 2:6855170/1‑150 (MQ=255) tttGAAGAAGATGGTGGTGCCTACAACCAGGCAGATGCTGCTGGCTTCATCAAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCGGGGttttt > 2:3509758/1‑150 (MQ=255) tttGAAGAAGATGGTGGTGCCTACAACCAGGCAGATGCTGCTGGCTTCATCAAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCGGGGttttt > 2:8590377/1‑150 (MQ=255) cttGAAGAAGATGGTGGTGCCTACAACCAGGCAGATGCTGCTGGCTTCATCAAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACCAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGACCGAGCCGGGGttttc < 2:196375/149‑2 (MQ=255) aagaagATGGTGGTGCCTACATCCAGGCAGATGCTGCTGGCTTCATCAAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGATAACCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTAt < 1:4748398/150‑1 (MQ=255) agaagaTGGTGGTGCCTACAACCAGGCAGATGCTGCTGGCTTCATCAAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATg > 2:3373191/1‑150 (MQ=255) gaTGGTGGTGCCTACAACCAGGCAGATGCTGCTGGCTTCATCAAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCcg > 2:5552822/1‑150 (MQ=255) gaTGGTGGTGCCTACAACCAGGCAGATGCTGCTGGCTTCATCAAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCcg > 2:5070433/1‑150 (MQ=255) aTGGTGGTGCCTACAACCAGGCAGATGCTGCTGGCTTCATCAAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCcgc > 1:4507725/1‑150 (MQ=255) 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gCTTCATCAAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTcac > 2:1560499/1‑150 (MQ=255) gCTTCATCAAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTcac > 1:7681487/1‑150 (MQ=255) atcaAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTCAcatcat > 2:4415029/1‑150 (MQ=255) tcaAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTCACatcatc < 1:6400545/150‑1 (MQ=255) tcaAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTCACatcatc > 1:429547/1‑150 (MQ=255) 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aaTGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTCACATCATCGCCCTCGa > 1:6186030/1‑150 (MQ=255) aaTGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTCACATCATCGCCCTCGa < 2:1658393/150‑1 (MQ=255) aaTGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTCACATCATCGCCCTCGa < 1:1771823/150‑1 (MQ=255) tGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTCACATCATCGCCCTCGAGt < 2:145395/150‑1 (MQ=255) aCTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTCACATCATCGCCCTCGAGTgcg > 2:6092655/1‑150 (MQ=255) 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gtgtGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTCACATCATCGCCCTCGAGTGCGCTGATCGAAAGCTGCGCACATTGACGTCTGCCCAGATTACAAAAGCGCCCGAcg > 1:909476/1‑150 (MQ=255) tgtgCGAAAACCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTCACATCATCGCCCTCGAGTGCGCTGATCGAAAGCTGCGCACATTGGCGTCTGTCCAGATTACAAAAGCGCCAGAcgc < 1:7574965/150‑1 (MQ=255) ataaaaaaaCCCCGGACCGAGCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCACAGGCGGGTCGGTCAACTTCGGTGGCTCACATCATCGCCCTCGAGTGCGCCGAGCGAAAGCTGCGCACATTGACGTCTGTCCAGAGTACAAAAGCGCCAGAcgcg > 2:7256748/6‑150 (MQ=255) tgCGAAAACCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTCACATCATCGCCCTCGAGTGCGCTGGTCGAAAGCTGCGCACATTGACGTCTGTCCAGATTACAAAAGCGCCCGAcgcgc > 2:7894582/1‑150 (MQ=255) tgCGAAAACCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTCACATCATCGCCCTCGAGTGCGCTGATCGAAAGCTGCGCACATTGACGTCTGTCCAGATTACAAAAGCGCCAGAcgcgc > 1:6500314/1‑150 (MQ=255) 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aaaaCCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTCACATCATCGCCCTCGAGTGCGCTGATCGAAAGCTGCGCACATTGACGTCTGTCCAGATTACAAAAGCGCCAGACGCGCG‑CTg > 2:8276358/1‑150 (MQ=255) aaCCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTCACATCATCGCCCTCGAGTGCGCTGATCGAAAGCTGCGCACATTGACGTCTGTCCAGATTACAAAAGCGCCCGACGCGCG‑CTGGc > 1:4641827/1‑150 (MQ=255) aaCCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTCACATCATCGCCCTCGAGTGCGCTGATCGAAAGCTGCGCACATTGACGTCTGTCCAGATTACAAAAGCGCCAGACGCGCG‑CTGGc < 2:1822234/150‑1 (MQ=255) aCCCCGGACCGAGCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTCACATCATCGCCCTCGAGTGCGCTGATCGAAAGCTGCGCACATTGACGTCTGTCCAGATTACAAAAGCGCCAGACGCGCG‑CTGGCt > 2:5390245/1‑150 (MQ=255) ccccGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTCACATCATCGCCCTCGAGTGCGCTGATCGAAAGCTGCGCACATTGACGTCTGTCCAGATTACAAAAGCGCCAGACGCGCG‑CTGGCTc < 1:245684/150‑1 (MQ=255) 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tCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTCACATCATCGCCCTCGAGTGCGCTGATCGAAAGCTGCGCACATTGACGTCTGTCCAGATTACAAAAGCGCCAGACGCGCG‑CTGGCTCGGGCGGt < 2:2703275/150‑1 (MQ=255) tCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTCACATCATCGCCCTCGAGTGCGCTGATCGAAAGCTGCGCACATTGACGTCTGTCCAGATTACAAAAGCGCCAGACGCGCG‑CTGGCTCGGGCGGt > 2:4077507/1‑150 (MQ=255) | GCCAACATCGCCACCTTTGAAGAAGATGGTGGTGCCTACAACCAGGCAGATGCTGCTGGCTTCATCAAGCTCAATGCACTGCGTATGCGCATTGCCGCCAACAAGGGCCGTTCGCTGCTCTGATTGCTGGCGTGTGCGAAAACCCCGGCTCGGTCCGGGGTTTTTTTATGCCCGCGCAAAGGCGGGTCGTTCAACTTCGGTGGCTCACATCATCGCCCTCGAGTGCGCTGATCGAAAGCTGCGCACATTGACGTCTGTCCAGATTACAAAAGCGCCAGACGCGCG‑CTGGCTCGGGCGGTT > NC_002947/1253020‑1253319 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |