Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,254,706 | C→G | 6.8% | intergenic (+24/+47) | bvgA → / ← PP_1091 | virulence factors transcription regulator BvgA/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,254,706 | 0 | C | G | 6.8% | 2273.5 / 110.6 | 676 | intergenic (+24/+47) | bvgA/PP_1091 | virulence factors transcription regulator BvgA/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (353/277); new base G (26/20); total (379/297) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 |
Only 100 of 708 total aligned reads displayed.
ATTGCCGACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGCGATTTCA > NC_002947/1254557‑1254855 | tGCCGACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTccagcca < 1:4797977/150‑1 (MQ=255) gCCGACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTccagccag < 2:57427/150‑1 (MQ=255) cGACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCagga > 1:3607508/1‑150 (MQ=255) 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2:2808501/1‑150 (MQ=255) | ATTGCCGACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGCGATTTCA > NC_002947/1254557‑1254855 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |