| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 1,254,708 | 0 | A | T | 6.8% | 2167.3 / 96.0 | 656 | intergenic (+26/+45) | bvgA/PP_1091 | virulence factors transcription regulator BvgA/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (339/272); new base T (26/19); total (365/291) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 710 total aligned reads displayed.
TGCCGACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGCGATTTCAAC > NC_002947/1254559‑1254857 | ccGACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCcaggcagg > 2:6139071/1‑150 (MQ=255) cGACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCagga > 2:3465059/1‑150 (MQ=255) gACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCaggag > 2:6880792/1‑150 (MQ=255) 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tggcaaaGCCTCCTGGCTGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTg > 2:7113970/6‑150 (MQ=255) ttGAAGCCTCCAGGCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGt < 1:6139071/150‑1 (MQ=255) ccTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGc > 2:1993988/1‑150 (MQ=255) ccTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGc < 2:8614144/150‑1 (MQ=255) tCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGCGa > 1:4533194/1‑150 (MQ=255) 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cagGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGCGATTTCaa < 2:4871467/150‑1 (MQ=255) | TGCCGACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGCGATTTCAAC > NC_002947/1254559‑1254857 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |