Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 170,839 | T→G | 5.1% | intergenic (+20/‑550) | PP_0159 → / → PP_16SA | family III CoA‑transferase/16S ribosomal RNA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 170,839 | 0 | T | G | 5.1% | 732.7 / 16.3 | 259 | intergenic (+20/‑550) | PP_0159/PP_16SA | family III CoA‑transferase/16S ribosomal RNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (120/117); new base G (7/9); total (128/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
CGGAGACGCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAAGTAGTTAAGGCA > NC_002947/170692‑170988 | cGGAGACGCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCa < 2:426383/150‑1 (MQ=255) cGGAGACGCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCa < 2:5338116/150‑1 (MQ=255) cGGAGACGCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCa < 2:6885710/150‑1 (MQ=255) ggAGACGCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAg < 1:7712054/150‑1 (MQ=255) gCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCtac > 1:5872666/1‑148 (MQ=255) gCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTcc > 1:1908136/1‑150 (MQ=255) ccAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGACGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCTGACGGCCTccc < 2:1493388/150‑1 (MQ=255) ccAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCTGACGGCCTccc < 1:2946165/150‑1 (MQ=255) cAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCTGACGGCCTcccc < 2:6605538/150‑1 (MQ=255) cAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTcccc < 1:4103688/150‑1 (MQ=255) cAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCGcccc > 1:3890905/1‑150 (MQ=255) gTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTcccccc > 1:5230320/1‑148 (MQ=255) gAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGACGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTCCAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGGCAGGCCGCCCCGcggt > 1:2336886/1‑147 (MQ=255) 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cGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGGGGTGCTGGGGGAAGTTTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACCGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTATATGAAATGCGGGGAGGCCTTAAGGCCTCCCCGCTTTGttttt < 2:2272258/150‑1 (MQ=255) gCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGTGGGGAGGCCTGACGGCCTCCCCGCttttcatcta < 2:2545916/150‑8 (MQ=39) ggCGCCACCAGTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGTTGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATTAAAAGGGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAgcg < 1:8634831/150‑1 (MQ=255) ggCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGATGTGGTGCTGGGGTAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGAGGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAgcg < 1:7143204/150‑1 (MQ=255) gcgcCACCACTGCTGGGCGAGCATCCCGACGTGGTGCTGGGGGACGTGTGGGGGCTGGATGCTGGCGCGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAgcgc < 2:7461090/150‑1 (MQ=39) 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gCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCGTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAAGGAGTTaa > 1:5380017/1‑150 (MQ=255) ggggAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAagt > 1:4568071/1‑150 (MQ=255) ggAGGCCGTCAGGCCTCCCCTCTTTTATTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCACTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCACACTTCAAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAagtag < 2:5872666/150‑1 (MQ=18) aGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAAGTAGtt < 2:1908136/150‑1 (MQ=255) gCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTc > 2:7178221/1‑98 (MQ=255) gCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAAGTAGTTaa < 2:3913725/150‑1 (MQ=255) gCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAAGTAGTTaa > 1:6202533/1‑150 (MQ=255) cggTCTGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATTATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAAGTAGTTAAg < 1:5421111/148‑1 (MQ=255) ccGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAAGTAGTTAAg > 2:3444688/1‑150 (MQ=255) cGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCTATGAGTTAAGTAGTTAAgg < 2:7937533/150‑1 (MQ=255) gTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAAGTAGTTAAGGc > 1:2699324/1‑150 (MQ=255) tCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAAGTAGTTAAGGCa > 2:8550591/1‑150 (MQ=255) | CGGAGACGCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAAGTAGTTAAGGCA > NC_002947/170692‑170988 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |