| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,352,123 | A→T | 7.7% | intergenic (‑276/+128) | udh ← / ← galP‑I | uronate dehydrogenase/porin‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,352,123 | 0 | A | T | 7.7% | 1088.2 / 11.5 | 441 | intergenic (‑276/+128) | udh/galP‑I | uronate dehydrogenase/porin‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (182/181); new base T (10/26); total (218/223) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.36e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 453 total aligned reads displayed.
AGGCCTGCGCGGTCGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCAGAGCAACGACAGCGGATA > NC_002947/1351974‑1352271 | aGGCCTGCGCGGTCGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGa < 2:4653932/150‑1 (MQ=255)aGGCCTGCGCGGTCGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGa < 2:1400294/150‑1 (MQ=255) ggCCTGCGCGGTCGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAg < 1:3790068/150‑1 (MQ=255) 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cTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCt > 1:1036545/1‑150 (MQ=255) cgaccattggtggACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCtt < 1:1263931/143‑1 (MQ=255) tCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGAt < 2:2957885/150‑1 (MQ=255) aaTGGTGGACACCCATCGGCGGTTGGGCGCTGGCGGGCGGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCa < 2:1975977/150‑1 (MQ=21) aTGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCag > 2:7555934/1‑150 (MQ=255) tggtggACACCCATCGGAGGTTGGGCGCCGGCCGCTGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCaga < 1:3490840/150‑1 (MQ=255) tggtggACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCaga > 2:7842316/1‑150 (MQ=255) ggtggACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCagag > 1:5138646/1‑150 (MQ=255) ggACACAAATCGGTGTTTGGGCGCAGGCCGATGTGTAGGTGGGGGTTTACCGGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCTCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTTTTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCAGAGCaa < 1:6818196/150‑1 (MQ=21) acacaTCGGTGTTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCAGAGCAACGAc < 2:6037751/150‑1 (MQ=255) 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AGGCCTGCGCGGTCGCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCC‑GCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCAGAGCAACGACAGCGGATA > NC_002947/1351974‑1352271 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |