| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,352,143 | T→G | 5.2% | intergenic (‑296/+108) | udh ← / ← galP‑I | uronate dehydrogenase/porin‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,352,143 | 0 | T | G | 5.2% | 1200.3 / 3.1 | 443 | intergenic (‑296/+108) | udh/galP‑I | uronate dehydrogenase/porin‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (185/212); new base G (30/8); total (217/226) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.36e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 465 total aligned reads displayed.
AGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCACCCGCCGTTCGCCGTTGCCGCCACCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCAGATCTTGATCAGAGCAACGACAGCGGATAGTTGAAGATCAACCGGTTCTC > NC_002947/1351994‑1352292 | aGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCtgt < 1:1550748/150‑1 (MQ=255)aGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAAACAATATAAAAGGGGGCAACACATCGGAGGGTGGGCGCAGGCCGCtgt > 1:7592956/1‑150 (MQ=17) gAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTgtgt < 1:6714209/150‑1 (MQ=255) gCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGCGGGTGGGCGCCGGCCGCTGGGTAg > 2:6938449/1‑150 (MQ=255) gCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAg < 1:7996922/150‑1 (MQ=255) gTTTACCCGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCCATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGc > 2:5134659/1‑150 (MQ=255) gTTTACCCGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGGGTAGGAGc > 1:1439645/1‑150 (MQ=255) ttACCCGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCgg < 2:2800233/150‑1 (MQ=255) ttACCCGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCgg < 1:1922161/150‑1 (MQ=255) ttACCCGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCgg < 2:2001803/150‑1 (MQ=255) ttACCCGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCgg > 2:1287122/1‑150 (MQ=255) tgaCCCGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCgg < 2:5720366/148‑1 (MQ=255) tACCCGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCCATGGGGGACACACCTCGGAGGTTGGGCGCGGGCCGCTGGGGAGGAGCggg > 1:2112333/1‑150 (MQ=18) ccGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCACTGGTGGACACACAACGGGGGGTGGGCGCAGGCCGCTGTGGAGGAGCGGGttt > 1:3535527/1‑150 (MQ=18) ccGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAAACCTGATACATGGTGGACACACATCGGAGGGTGGGCGCCGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGgtt > 1:3348598/1‑150 (MQ=18) ccGCGAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGGTGGGCGCAGGCCGCTGGGTAGGAGCGGGttt > 1:3240471/1‑150 (MQ=255) cgAAAGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTAcc < 1:8811489/150‑1 (MQ=255) aaGGGCCAGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 1:3593612/150‑1 (MQ=255) 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cAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCCCTCCAAAACCTGATCAATGGTGGACCCACAACGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGGAGGAGCGGGTTTAACCGCGAAAGGGCCGGCCcggctg > 1:6212851/1‑150 (MQ=21) aTTGCCACCCGCCGTCCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCATTGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGc < 1:4846480/150‑1 (MQ=255) tttCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATACGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACATCGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGTCGGCCCTGCTGGcc > 2:5416474/1‑150 (MQ=255) cccGCCGTTCACCGTCGCCGCCGCCACCGTATTCTCGGGTAAACCCGCTCCTACACCCGAAGATTGTCGGACACTCATCGGCGGTTGGGCGCTGGCCGGTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGtttt < 2:1954401/150‑1 (MQ=18) cgccgTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCTGATCAATGGTGGACACACAACGGAGGTTGGGCGCAGGCCGCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTTCa > 2:3547762/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |