Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,359,220 | G→T | 5.4% | S371Y (TCC→TAC) ‡ | nrdA ← | ribonucleoside‑diphosphate reductase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,359,220 | 0 | G | T | 5.4% | 1551.3 / 50.9 | 455 | S371Y (TCC→TAC) ‡ | nrdA | ribonucleoside‑diphosphate reductase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (207/223); new base T (15/10); total (222/233) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 460 total aligned reads displayed.
GTTGGTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATGAAGAAA > NC_002947/1359072‑1359369 | tGGTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACa < 2:4354417/150‑1 (MQ=255) ttGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGTCCAGCTGctac < 1:306713/150‑4 (MQ=255) ttGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGTCCAGCTGctac < 2:4448588/150‑4 (MQ=255) gATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGgcg > 1:5326069/1‑150 (MQ=255) tGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCa < 1:2078546/150‑1 (MQ=255) tGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCa < 2:6723990/150‑1 (MQ=255) tGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCa < 2:5424259/150‑1 (MQ=255) gTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAg > 1:7442521/1‑150 (MQ=255) tAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAgg > 2:3814480/1‑150 (MQ=255) tAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAgg > 1:7830334/1‑150 (MQ=255) tAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAgg > 2:6472721/1‑150 (MQ=255) tAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAgg < 1:5249064/150‑1 (MQ=255) aaGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGTCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAggg > 2:2098443/1‑150 (MQ=255) agCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGc < 2:1461388/150‑1 (MQ=255) gCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGcc > 2:7085480/1‑150 (MQ=255) cccTGTGCGCGCACTGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCg > 2:822692/1‑150 (MQ=255) cAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGc > 1:766604/1‑150 (MQ=255) gTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGt < 2:5967013/150‑1 (MQ=255) tGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGtt < 1:3554766/150‑1 (MQ=255) gcACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACa > 2:790370/1‑150 (MQ=255) cacaGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAg < 2:3638093/150‑1 (MQ=255) cacaGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAg < 1:3842867/150‑1 (MQ=255) aGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAgggt > 1:1077945/1‑150 (MQ=255) ggggTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAgggtc < 2:721855/150‑1 (MQ=255) gggTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAgggtcg < 1:2014910/150‑1 (MQ=255) ggTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAgggtcgg < 1:5856721/150‑1 (MQ=255) gTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAgggtcggg < 2:6288653/150‑1 (MQ=255) ccAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAgggtcggggt > 2:4832970/1‑150 (MQ=255) tCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAg < 1:1560654/150‑1 (MQ=255) ttGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGcc < 1:1283256/150‑1 (MQ=255) cccAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATg > 1:1171170/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGt > 1:2494043/1‑150 (MQ=255) cAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGAACGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTa > 1:6776661/1‑150 (MQ=255) 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ggCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAgg > 1:3501488/1‑150 (MQ=255) gCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGc > 2:3868180/1‑150 (MQ=255) gtggtCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATg < 1:2337801/150‑1 (MQ=255) tgcgcccgcagcTGTCCAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCca > 2:3240003/8‑150 (MQ=255) tCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCca > 2:2567164/1‑150 (MQ=255) 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cccgcagcTGTCCAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACg > 1:2234570/4‑150 (MQ=255) tAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACgg < 2:2310389/105‑1 (MQ=255) ccgcagcTGTCCAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGc > 2:3094779/3‑150 (MQ=255) ccgcagcTGTCCAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGc > 1:5459887/3‑150 (MQ=255) cgcagcTGTCCAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCa > 1:8081429/2‑150 (MQ=255) agcTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATga > 1:7994638/1‑150 (MQ=255) agcTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATga > 2:7486436/1‑150 (MQ=255) agcTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATga > 1:7127329/1‑150 (MQ=255) agcTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATga > 1:1741775/1‑150 (MQ=255) tGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATgaaga < 1:7483316/150‑1 (MQ=255) ggACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATgaagaa < 1:2590811/150‑1 (MQ=255) gACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATGAAGaaa > 1:5967622/1‑150 (MQ=255) | GTTGGTGCCCTTGATGTAAGAGCCCAGTGCGCGCACAGGGGTCCAGTCGTTGCCCAGGCCACCGGCGAATTTCGACAGCATGGCGTTGTCGTGGATCGCGTGGTAGATGCCCGACAGGTCGTCCGGCACGGTGGTCAGGTAGCAGCTGGACAGCTGCGGGCGCAGGGTGCCGGCGTTGAACAGGGTCGGGGTCGAGGCCATGTAGTCGAACGACGACAACAGGTTGTAGAACTCGATCGCACGGGCTTCCTTGTCTTTTTCTTCCAGCGCCAGGCCCATGGCCACACGCATGAAGAAA > NC_002947/1359072‑1359369 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |