Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 170,841 | A→C | 5.4% | intergenic (+22/‑548) | PP_0159 → / → PP_16SA | family III CoA‑transferase/16S ribosomal RNA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 170,841 | 0 | A | C | 5.4% | 704.4 / 13.3 | 257 | intergenic (+22/‑548) | PP_0159/PP_16SA | family III CoA‑transferase/16S ribosomal RNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (128/103); new base C (3/15); total (131/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.32e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
CGGAGACGCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAAGTAGTTAAGGCAAA > NC_002947/170692‑170990 | cGGAGACGCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCa < 2:6884934/150‑1 (MQ=255) cGGAGACGCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCa < 2:426383/150‑1 (MQ=255) cGGAGACGCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCa < 2:5338116/150‑1 (MQ=255) ggAGACGCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAg < 1:7712054/150‑1 (MQ=255) ggAGACGCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAg > 1:2272838/1‑150 (MQ=255) gCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGGGGCCGTCAGGCCTcc > 1:1666637/1‑150 (MQ=255) gCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCtac > 1:5872666/1‑148 (MQ=255) gCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTcc < 2:5452276/150‑1 (MQ=255) 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1:5421111/148‑1 (MQ=255) ccGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAAGTAGTTAAg > 2:3444688/1‑150 (MQ=255) cGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAAGTAGTTAAgg < 1:1578886/150‑1 (MQ=255) gTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAAGTAGTTAAGGc > 1:2699324/1‑150 (MQ=255) tCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAAGTAGTTAAGGCa > 1:894989/1‑150 (MQ=255) tCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAAGTAGTTAAGGCa > 2:8550591/1‑150 (MQ=255) aGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAAGTAGTTAAGGCaaa > 2:8152906/1‑150 (MQ=255) | CGGAGACGCCAGTGGAGTATCGCCGGGCGCCACCACTGCTGGGCGAGCATACCGAAGTGGTGCTGGGGGAAGTGTTGGGGCTGGATGCTGGCGAGGTACAGCGTCTGCGTGATGCTGGGGTGCTCTAGATGAAAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTCAGCGCTATCAAAGGTAATTGAAATTAAAGGTTGACGCCCTCTCGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACATCGGAACGAAAAACTCCTTGAGATTCAATGAGTTAAGTAGTTAAGGCAAA > NC_002947/170692‑170990 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |