| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,549,480 | C→A | 34.7% | intergenic (+48/+66) | mdfA → / ← ampG | multidrug MFS transporter/muropeptide permease AmpG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,549,480 | 0 | C | A | 34.7% | 294.0 / 263.6 | 251 | intergenic (+48/+66) | mdfA/ampG | multidrug MFS transporter/muropeptide permease AmpG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/112); new base A (46/41); total (97/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.07e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
CTGCATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGAT > NC_002947/1549331‑1549629 | tgcTTTTTGCCCGGGGGGGGGGGGTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTGGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTAcaca < 2:7525387/150‑1 (MQ=39) tgcTTTTGGCCGTGGCGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCGGTGGCCGCTGTGGTTGGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTAcaca < 2:7483257/150‑1 (MQ=39) tgcATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAAACCCCACCGacacc > 2:2606434/1‑149 (MQ=255) gcATTTGGCCCGGGGGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAg < 1:7147601/150‑1 (MQ=255) cATTTTGCCCTGGCGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAgg < 2:77146/150‑1 (MQ=255) aTTTTGCCCGGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAggg < 2:6603018/150‑1 (MQ=255) ggggggggggggggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑ttt < 1:4725374/146‑1 (MQ=255) gggcggGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑ttt < 2:5764647/149‑1 (MQ=255) cggggggggggggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGGGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTg < 1:7032499/147‑1 (MQ=255) gggggggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCCGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑Tgtgt < 2:6706416/148‑1 (MQ=37) gcggGGGTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGt < 2:2095950/150‑1 (MQ=255) gcggGGGGGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGGGGTTTGTGGTGGGGGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGt < 2:6491560/150‑1 (MQ=255) gggggggggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTa < 2:2185565/149‑1 (MQ=37) gggggggggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTa < 1:5879270/149‑1 (MQ=37) ggggggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCGGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTa < 1:5613486/149‑1 (MQ=21) ggggggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGGTGTGTTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTa < 2:8597654/149‑1 (MQ=255) ggggggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTa < 1:1154151/149‑1 (MQ=37) ggggggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGGGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGGGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTa < 1:3295449/149‑1 (MQ=25) ggggggTGGCGGGGGCTTTGGCGCTGTGGCCGTTGTGTTTTGTGGTGGTTGGGCGGCCTGGGTAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTa < 1:3919077/149‑1 (MQ=18) ggggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGGGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTa < 1:4405836/149‑1 (MQ=255) cggGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTa < 2:5479815/150‑1 (MQ=37) ggggggggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAg < 1:8522982/150‑1 (MQ=255) ggggggggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAg < 2:2693795/150‑1 (MQ=255) ggggggggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAg < 2:292008/150‑1 (MQ=255) gggggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAg < 1:874615/150‑1 (MQ=255) gggggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAg < 2:8682200/150‑1 (MQ=255) gggggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAg < 2:6791301/150‑1 (MQ=37) gggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAg < 2:6049780/150‑1 (MQ=255) gggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCGTGGC‑GGGGAAACCCGCGCCGACACAGGgcccccccgccgtgggg > 2:3364466/1‑143 (MQ=255) ggggggggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCGGTGGTTTGGGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGa < 1:7626327/150‑1 (MQ=255) gggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGa < 2:2832923/150‑1 (MQ=255) gggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGa < 2:4488830/150‑1 (MQ=255) ggggggggCGTTGGGGCTGTGGCCGCGGGGGTGGGTGGGGGGTGGGGGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGAGAATCGGTAGGGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCgg < 2:7803077/147‑1 (MQ=18) ggggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCgg < 1:2804132/147‑1 (MQ=25) ggggggggCGTGGGGGCTGTGGCCGGTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCgg < 2:7389925/147‑1 (MQ=25) ggCGGGGGCTTGGGCGGTGTGGCCGGTGTGGTTTGTGGGGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCgg < 1:2438516/150‑1 (MQ=38) ggCGGGGGCGTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCgg < 2:777286/150‑1 (MQ=25) gCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGGGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCggg < 2:1272428/150‑1 (MQ=25) ggggggCGTTGGCGCTGGGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGt < 1:7349680/149‑1 (MQ=255) ggggggCGTTGGCGCTGGGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGt < 2:7990294/149‑1 (MQ=255) gggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCggg < 2:427421/148‑1 (MQ=25) gggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCggg > 1:427421/1‑148 (MQ=25) gggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCCCGCCGC‑ATTGTAGGAGCGGGTTTa > 2:8756056/1‑150 (MQ=255) ggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCggaaatca > 2:7424193/1‑144 (MQ=25) tgggCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 2:2804509/148‑1 (MQ=255) gggCGCTGGGGCCGCTGTGGTTTGGGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCGGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTCCACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTCGGAGCGGGTTTACCcgcg < 2:5827652/149‑1 (MQ=38) ggCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTa > 1:5988829/1‑143 (MQ=255) cTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagag < 2:5640673/150‑1 (MQ=255) cTGGGGCCGCTGTGGTTTGGGGGGGGTGGGCGGCCGGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCATACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagag < 2:3513888/150‑1 (MQ=37) ggCCGCGGTGGTGGGGGGGGGGGGGGCGGCGTGGGGCCGGGGCGGGAGCTCGATAAGCGGTATGGCCGGGGCCGGCCTCTGCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCGGC‑TTTGTAGGAGCGTGTTTACCCGCGAAGAGGCCa < 2:4615913/150‑1 (MQ=21) gggTTTGGGGGGGGGGGGCGGCGTGGGGACGGGGCTGTCGCTCGATAATCGGTATGGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTACACCCGCTCCTACACCGGGCCGCGCCGC‑TTGGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGc < 2:4166525/149‑1 (MQ=25) gTTTGTGGTGGGGGGGGGGCCTGGGTACGGGGCTGACGCGCGATACCCGTTATTGCGGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCCCCTACACCGGGCCGCGCCGC‑TTTTTCGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCaa < 1:6502254/150‑1 (MQ=21) tttGGGGGGGGGGGGGGGCCGGGGTACGGGGCTGTAGCTCTATAATGGTTATGGCCGGGGCCGGCCTCTTGGC‑GGTTAACCCCGCACCTACACCGGGCCGCGCCGC‑TTTGTCGGCGGGGTTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAAt < 1:3552061/150‑1 (MQ=255) gggtgggCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAAACCGCGCCAACACAGGGCCGCGCCGC‑GTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAAAACAAAGca > 2:3596796/1‑149 (MQ=38) ggggCGGCCTGGGGACGGGGCTGTAGCTCGATACTCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCGCCTACCCAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGTGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCa < 2:5931059/149‑1 (MQ=37) ggggCGGCCGGGGGACGGGGCTTTAGCTCTATAAGGGGTATTGCGGGGGCCGGCCTCTGCGG‑GGGTAAACCCGCTCCTACACTGGGCCGCGCCGC‑TTTGTTGGTGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCa < 1:728706/149‑1 (MQ=25) gggCGGCGGGGGGACGGGGCTGTCGCTCGATAATGGGTTTTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCCAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTCGGAGCGGTTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAg < 2:3921352/150‑1 (MQ=25) ggggACGGGGCTGTAGCTCGATAATCGTTTTTGCGGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGAAACCCCGCCCCTCCACAGGGCCGCGCCGC‑TTTTTCGGCGGGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCa < 1:4245677/150‑1 (MQ=255) cgttttAGCTCGATATGCGGTATGGCCGGGGCCGGCAACTTGGC‑GTGAAACCCCCCCCCTACACCGGGCCGCGCGGA‑TTTGTTGGCGGGGTTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGa < 1:5326095/145‑1 (MQ=255) tGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTg < 2:6446137/150‑1 (MQ=255) gggcgggggCCGCCCTCTGGGG‑GGCAAACCCCGCCCCTACACCGGGCCGCGCCGT‑TTTGTCGGGGGGGGATCCCCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTc < 1:1743439/145‑1 (MQ=255) cGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGGTAAACCC‑CGCCAAAAAAAGGGCCCGCCCCGTTTGTGGTGCCGGGTTTAACC‑CCAAGAGGCCACCACACGCAAAACAAATCATCAGGGGCCCACAGCCCCCCCCTGGTCGTCCGCCACCCGCCTccccc > 2:7108283/1‑150 (MQ=255) ggccggccTCTCCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACCGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGGGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCcccgcc < 2:3677092/150‑1 (MQ=255) ggccTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCTC‑TTTGTTGGAGCGGTTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGc < 2:3324791/150‑1 (MQ=255) ctctTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCGACACAGGGCCGCGCCGC‑GTTGTAGGAGCGGGGTTACCCGCGAAGGGGCCACCACAGGCAATACCAAGCGTCAGGGCCGCTCAGCCCCCGCGGGGGCGGCCGCCCCCGGCGTCCCCCCCCCGGCTTc > 2:2387542/1‑150 (MQ=25) ctctGCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCCTGGGCCGCGCCGC‑TTTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTc < 1:4989289/150‑1 (MQ=255) ttCGC‑GGGTAAACCCCCTCCGACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTAACCGCCAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTccgg > 2:1529439/1‑148 (MQ=21) cgc‑gGGTACACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGAt < 2:2575640/150‑1 (MQ=255) gc‑gGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGCGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATg > 2:8194824/1‑150 (MQ=255) gc‑gGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCg > 1:2827217/1‑119 (MQ=255) gc‑gGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATg > 1:2177349/1‑150 (MQ=255) c‑gGGTAAACCCGCTCCTACCCCGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGc < 2:8240593/150‑1 (MQ=255) ggTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCa > 2:6891837/1‑150 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCAc > 1:1660924/1‑150 (MQ=25) tAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACt > 1:1226222/1‑150 (MQ=255) aCCCGCCCCTACACCGGGCCGCGCCGT‑TTTGTCGGCGGGGGTTCCCCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCa < 1:4868038/150‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAg > 2:1789736/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAg > 1:8428029/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAg > 1:5143683/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGGAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGccg > 2:1320714/1‑148 (MQ=25) ccGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg < 2:5106350/150‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 1:3459427/1‑150 (MQ=25) ccGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 1:6895197/1‑150 (MQ=37) ccGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 2:1283694/1‑150 (MQ=37) ccGCTCCAACACCGGGCCGCGCCGC‑TTTGGCGGCGGGGTTTAACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg < 1:3768294/150‑1 (MQ=255) gCTCCTACCCCGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGc < 2:2270193/150‑1 (MQ=255) gCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGc > 1:6385906/1‑150 (MQ=255) cTCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCg > 2:5392988/1‑150 (MQ=37) tCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCga > 2:6154398/1‑150 (MQ=255) tCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCga > 1:6761799/1‑150 (MQ=37) tCCTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCga > 1:7945548/1‑150 (MQ=37) cTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc > 1:8229980/1‑150 (MQ=255) cTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc > 2:6227979/1‑150 (MQ=255) cTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCCGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc > 1:981095/1‑150 (MQ=25) cTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc > 1:7436468/1‑150 (MQ=37) cTACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGACCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc > 2:8296253/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:8517923/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:4023230/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCC‑TGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:5266552/1‑150 (MQ=37) acaGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcagga > 2:4097905/1‑150 (MQ=255) | CTGCATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGC‑TTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGAT > NC_002947/1549331‑1549629 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |