Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 1,587,764 | C→A | 5.1% | intergenic (‑219/‑39) | ttgA ← / → ttgR | efflux pump periplasmic linker TtgA/HTH‑type transcriptional regulator TtgR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,587,764 | 0 | C | A | 5.1% | 1149.0 / 34.0 | 336 | intergenic (‑219/‑39) | ttgA/ttgR | efflux pump periplasmic linker TtgA/HTH‑type transcriptional regulator TtgR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (194/125); new base A (9/8); total (203/133) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
TGCTATCCGGTGGATAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGACATC > NC_002947/1587615‑1587913 | cTATCCGGTGGATAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCAc > 2:3936302/1‑150 (MQ=255) tATCCGGTGGATAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCAcg > 2:2712112/1‑150 (MQ=255) aTCCGTTGGATAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGATGGGTTGTACTAAGTTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCACCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCACCGCAcgc > 2:7353054/1‑150 (MQ=255) aTCCGGTGGATAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCAGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCAcgc > 2:3706324/1‑150 (MQ=255) cGGTGGATAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCt > 2:7576782/1‑150 (MQ=255) ggTGGATAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATGAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTg > 2:7507689/1‑150 (MQ=255) gTGGATAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTgc < 1:6759602/150‑1 (MQ=255) tGGATAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTgcg > 2:1052730/1‑150 (MQ=255) aTAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGt < 2:49718/150‑1 (MQ=255) aTAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCgg < 2:5027554/150‑1 (MQ=255) aTAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCgg > 1:5532390/1‑150 (MQ=255) aTAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGAACGCGCAGCGCGTGCgg < 2:3999254/150‑1 (MQ=255) cTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATg > 2:4849530/1‑150 (MQ=255) cTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTCCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATg > 1:1054095/1‑150 (MQ=255) tAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGa > 2:4889267/1‑150 (MQ=255) tAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGa > 1:1972991/1‑150 (MQ=255) aGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAgg > 1:7615650/1‑150 (MQ=255) tataCTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTa < 2:4487567/150‑1 (MQ=255) ttACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGcc > 2:5734870/1‑150 (MQ=255) ttACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGcc > 1:1448403/1‑150 (MQ=255) ttACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGcc > 2:8427957/1‑150 (MQ=255) ttACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGcc > 2:3107280/1‑150 (MQ=255) ttACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGcc > 1:4802653/1‑150 (MQ=255) 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aTGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCg > 1:5835486/1‑150 (MQ=255) tagtttgtAAATACAGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGa > 2:1277159/3‑150 (MQ=255) tttgtAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAAcc > 1:7925379/1‑150 (MQ=255) tgtAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCaa > 1:6967261/1‑150 (MQ=255) gtAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCaaa > 1:1839048/1‑150 (MQ=255) 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ttATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAggg > 1:3076573/1‑150 (MQ=255) tATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGc < 1:8247310/150‑1 (MQ=255) tATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGc < 1:925725/150‑1 (MQ=255) aTCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGcc > 1:12018/1‑150 (MQ=255) tCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGtt > 2:2941477/1‑72 (MQ=255) ccGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCtt > 2:1441194/1‑150 (MQ=255) gagaGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCt > 1:2289754/1‑150 (MQ=255) gagGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCCGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGACCCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTAc > 1:2752194/1‑150 (MQ=255) cGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGcgcg > 2:3647527/1‑150 (MQ=255) cGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGcgcg < 1:8469435/150‑1 (MQ=255) ggCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCgg > 1:4645194/1‑150 (MQ=255) gCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCggg < 1:2853180/150‑1 (MQ=255) agagGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGt > 2:6444435/1‑150 (MQ=255) agGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTg > 2:7004227/1‑150 (MQ=255) ggTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTgc < 1:6134513/150‑1 (MQ=255) tGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTgcgc < 1:2365471/150‑1 (MQ=255) tGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTgcgc < 1:7507689/150‑1 (MQ=255) ccccGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGaa > 2:2890581/1‑150 (MQ=255) ccccGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGaa < 1:2042560/150‑1 (MQ=255) cccGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAac > 1:5959160/1‑150 (MQ=255) cccGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGATCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCCGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAac > 2:5709602/1‑150 (MQ=255) ccGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAacc < 2:7748627/150‑1 (MQ=255) tCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGcc < 2:6067712/150‑1 (MQ=255) gcccGAACGCGCAGCGCGTGCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCg > 1:8092093/2‑150 (MQ=255) ccGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGAc > 1:561101/1‑150 (MQ=255) ccGAACGCGCAGCGCGTGCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGAc > 1:6805007/1‑150 (MQ=255) cACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGACATc < 2:7565820/150‑1 (MQ=255) | TGCTATCCGGTGGATAAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGACATC > NC_002947/1587615‑1587913 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |