| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,587,778 | T→G | 5.4% | intergenic (‑233/‑25) | ttgA ← / → ttgR | efflux pump periplasmic linker TtgA/HTH‑type transcriptional regulator TtgR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,587,778 | 0 | T | G | 5.4% | 1174.5 / 35.1 | 341 | intergenic (‑233/‑25) | ttgA/ttgR | efflux pump periplasmic linker TtgA/HTH‑type transcriptional regulator TtgR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (183/139); new base G (11/8); total (194/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
AAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGACATCGCCGAACTGGCGG > NC_002947/1587630‑1587926 | aaaTAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTc > 1:6825352/1‑150 (MQ=255) aaTAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCg < 2:6075620/150‑1 (MQ=255) aTAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGAACGCGCAGCGCGTGCgg < 1:2308778/150‑1 (MQ=255) tAGCTTGCTAAGGACTATACTTACAGTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGAACGCGCAGCGCGTGCggg < 1:8272037/150‑1 (MQ=255) tAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGAACGCGCAGCGCGTGCggg < 1:5583094/150‑1 (MQ=255) ttGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAg > 2:2719913/1‑150 (MQ=255) tAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGa > 2:7574624/1‑150 (MQ=255) tAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGa < 2:236981/150‑1 (MQ=255) 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ttACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGcc > 1:4802906/1‑150 (MQ=255) ttACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGcc > 2:3107280/1‑150 (MQ=255) ttACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGcc > 2:5734870/1‑150 (MQ=255) ttACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGGTGTACTGcc > 2:4851065/1‑150 (MQ=255) ttCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGt > 2:3743947/1‑150 (MQ=255) 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tGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGTAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTgcgc < 2:2320264/150‑1 (MQ=255) tGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTgcgc < 1:7507964/150‑1 (MQ=255) ccccGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGaa < 1:1365495/150‑1 (MQ=255) ccccGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGaa > 2:2890581/1‑150 (MQ=255) cccGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAac > 1:5959160/1‑150 (MQ=255) ccGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAacc < 2:7748582/150‑1 (MQ=255) cGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAacca > 2:3579379/1‑150 (MQ=255) gAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAaccacc < 2:6262957/150‑1 (MQ=255) gtCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGc < 2:3874957/149‑1 (MQ=255) tCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGcc < 2:1053912/150‑1 (MQ=255) gcccGAACGCGCAGCGCGTGCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCg > 1:8092093/2‑150 (MQ=255) gcccGAACGCGCAGCGCGTGCGGGCCAGATCAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCACAGAACATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCg > 2:171135/2‑150 (MQ=255) ccGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGAc < 2:4977667/150‑1 (MQ=255) ccGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGAc > 1:1780553/1‑150 (MQ=255) cGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGACa < 1:5013488/150‑1 (MQ=255) gCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGACAt < 1:4608301/150‑1 (MQ=255) cACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGACATc < 1:5682960/150‑1 (MQ=255) cgcgCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGACATCGc < 1:5871062/150‑1 (MQ=255) gcgcTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGACATCGcc < 1:4438186/150‑1 (MQ=255) gcgcTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGAGGAAAGGGCCTTCTAAAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGACATCGcc > 1:5515535/1‑150 (MQ=255) cTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGACATCGCCGaa < 1:4946376/150‑1 (MQ=255) cTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGACATCGCCGaa > 1:4197008/1‑150 (MQ=255) tGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGACATCGCCGAAc > 1:6226135/1‑150 (MQ=255) cgcgTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGACATCGCCGAACTg < 2:1972991/150‑1 (MQ=255) gcgTGCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGACATCGCCGAACTgg > 1:1053133/1‑150 (MQ=255) gTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGACATCGCCGAACTGGCg > 1:2698199/1‑150 (MQ=255) | AAATAGCTTGCTAAGGAATATACTTACATTCATGGTTGTTTGTAAATACTGCTGGGTGGTACTCAGGTACAGCCTCAGCGCTTGATTAGCTTATCCGAGAGGCCCCGGCAGAGGTGCCCCCGGAGCGTTCCCCGCACGCGCTGCGCGTTCGGGCCAGATGAGGTTGTACTGCCATGGTCCGTCGAACCAAAGAAGAAGCCCAGGAAACCCGTGCCCAGATCATCGAGGCGGCGGAAAGGGCCTTCTACAAGCGCGGGGTTGCGCGAACCACCCTGGCCGACATCGCCGAACTGGCGG > NC_002947/1587630‑1587926 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |