| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,717,071 | A→T | 13.7% | intergenic (+71/‑187) | ppc → / → adk | phosphoenolpyruvate carboxylase/adenylate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,717,071 | 0 | A | T | 13.7% | 504.3 / 43.5 | 226 | intergenic (+71/‑187) | ppc/adk | phosphoenolpyruvate carboxylase/adenylate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (135/33); new base T (9/20); total (148/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.86e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
CGCTCTGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGG‑CACAAGGACGGGGAGGGCGGTT‑GCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCTGGTCGCCGAA > NC_002947/1716922‑1717220 | gCTCTGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGG‑CACAAGGACGGGGAGGGCGGTT‑GCGCCAg < 2:2823227/150‑1 (MQ=255) tctGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGG‑CACAAGGACGGGGAGGGCGGTT‑GCGCCAGgc < 1:6064668/150‑1 (MQ=255) tctGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGG‑CACAAGGACGGGGAGGGCGGTT‑GCGCCAGgc > 2:865390/1‑150 (MQ=255) tctGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGG‑CACAAGGACGGGGAGGGCGGTT‑GCGCCAGgc < 2:7890916/150‑1 (MQ=255) tctGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGG‑CACAAGGACGGGGAGGGCGGTT‑GCGCCAGgc < 2:6971781/150‑1 (MQ=255) tctGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGG‑CACAAGGACGGGGAGGGCGGTT‑GCGCCAGgc < 2:3450828/150‑1 (MQ=255) tGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGG‑CACAAGGACGGGGAGGGCGGTT‑GCGCCAGgcgc > 1:1544575/1‑150 (MQ=255) tGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGG‑CACAAGGACGGGGAGGGCGGTT‑GCGCCAGgcgc > 2:795619/1‑150 (MQ=255) 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atcccggCCGGG‑CACACGGCGGGGGCGGGCGGTT‑GCGCCTGGCGCACCCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATg < 2:4511047/145‑1 (MQ=255) atcccggCCCGC‑CACAGGGGGGGGGGGGGGGGTG‑GCGCCTGGCCCACCCCCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATg < 1:426704/145‑1 (MQ=255) aTACAGGCCCGG‑CACAAGGACGGGGAGGGCGGTT‑GCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATg > 2:5619439/1‑150 (MQ=255) aTACAGGCCCGG‑CACAAGGACGGGGAGGGCGGTT‑GCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCGTCTGACCGATTTATg > 1:8463331/1‑150 (MQ=255) tACAGGCCCGG‑CACAAGGACGGGGAGGGCGGTT‑GCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGTGCAGCCTTCTGACCGATTTATgg > 2:1718300/1‑150 (MQ=255) aCAGGCCCGG‑CACAAGGACGGGGAGGGCGGTT‑GCGCCAGGCGCAACCGCCTGTCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGt < 2:6743726/150‑1 (MQ=255) aGGCCCGG‑CACAAGGACGGGGAGGGCGGTT‑GCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGGGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCa > 1:4387840/1‑150 (MQ=255) ggCCCGG‑CACTGGGGGGGGGGGGGGGGTG‑GCCCCCGGCCCCCCCCCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCAt < 1:6265869/150‑1 (MQ=255) gCCCGG‑CACAAGGACGGGGAGGGCGGTT‑GCGCCAGGCGCAACCCCCAGCCCCGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCAGCAACGTTGGGCCGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCGGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATa > 1:1111651/1‑150 (MQ=255) gcgggggTGGGGGGTT‑GCGCCTGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCg < 1:6441909/147‑1 (MQ=255) gggggTGGGGGGTT‑GCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGa < 2:1923171/149‑1 (MQ=255) gggggTGGGGGGTT‑GCGCACGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGa < 2:7395103/149‑1 (MQ=255) ggAGGGCGGTT‑GCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACtt > 2:4363539/1‑150 (MQ=255) ggAGGGCGGTT‑GCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACtt > 2:7215203/1‑150 (MQ=255) ggAGGGCGGTT‑GCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACtt > 2:4363922/1‑150 (MQ=255) aGGGCGGTT‑GCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTgg > 1:6811883/1‑150 (MQ=255) aggCGGTT‑GCGCCTGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGc > 2:2979300/2‑150 (MQ=255) ggCGGTT‑GCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGcc > 1:2394567/1‑150 (MQ=255) ggCGGTT‑GCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGcc > 1:1257749/1‑150 (MQ=255) gCGGTT‑GCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGccc < 2:7195728/150‑1 (MQ=255) ggTT‑GCGCCTGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCTg > 1:3096300/1‑150 (MQ=255) ggTG‑GCGCCGGGCGCCCCCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCTg < 2:3067749/150‑1 (MQ=255) gTT‑GCGCCTGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCTgg > 1:7194492/1‑150 (MQ=255) tt‑GCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCTGGt > 1:3486841/1‑150 (MQ=255) gggcggcCTGGCGCACCCCCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCTgg < 1:6015081/145‑1 (MQ=255) gcCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCTGGTCGcc > 1:2797980/1‑150 (MQ=255) gcCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCTGGTCGcc > 1:3820787/1‑150 (MQ=255) | CGCTCTGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCATGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGG‑CACAAGGACGGGGAGGGCGGTT‑GCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCTGGTCGCCGAA > NC_002947/1716922‑1717220 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |