| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,902,194 | G→T | 7.6% | intergenic (‑56/+88) | PP_mr24 ← / ← rdgC | mini‑ykkC regulatory region/recombination‑associated protein RdgC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,902,194 | 0 | G | T | 7.6% | 1027.4 / 51.8 | 310 | intergenic (‑56/+88) | PP_mr24/rdgC | mini‑ykkC regulatory region/recombination‑associated protein RdgC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (143/143); new base T (10/14); total (153/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
AACAGGATGATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCAGGAATTCGG > NC_002947/1902045‑1902343 | aaCAGGATGATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAgg < 1:8400807/150‑1 (MQ=255) aCAGGATGATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAggg < 2:3464798/150‑1 (MQ=255) aCAGGATGATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAggg < 2:1283711/150‑1 (MQ=255) 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atCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGGGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCAc > 2:8224757/1‑150 (MQ=255) tCCAGGACCTGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACt > 2:8349140/1‑150 (MQ=255) tCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAGTGGTAACCCCt > 2:8814191/1‑150 (MQ=255) ccAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACtt < 2:3019572/150‑1 (MQ=255) ccAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACtt < 1:5038408/150‑1 (MQ=255) aGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAGTGGTAACCCCTTGc < 1:8814191/150‑1 (MQ=39) aGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGc > 2:2734356/1‑150 (MQ=255) ggACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCa < 2:4287179/150‑1 (MQ=255) gACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAg < 1:2635586/150‑1 (MQ=255) aCATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGATGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAgg < 1:6251327/150‑1 (MQ=255) 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cATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCcgc > 2:8305524/1‑150 (MQ=255) aTCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCcgcg > 1:7603183/1‑150 (MQ=255) aTCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCcgcg > 2:7358877/1‑150 (MQ=255) gTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAag > 1:4786727/1‑150 (MQ=255) tttGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAaga < 1:6867445/150‑1 (MQ=255) 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ggCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGGGCCTCaaa < 1:3478082/150‑1 (MQ=255) ggCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGaa > 2:3347339/1‑150 (MQ=255) gCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAAc > 2:4968149/1‑150 (MQ=255) aCCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCAc > 1:5803795/1‑150 (MQ=255) ccGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCAcc < 2:8476006/150‑1 (MQ=255) gcgcCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCgg > 2:5872230/1‑150 (MQ=255) gcCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCa < 2:1828959/150‑1 (MQ=255) cTGCAAGTGGTAACCCCTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCAgg > 1:7032191/1‑150 (MQ=255) cTGCAAGTGGTAACCCCTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGACCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCAgg > 2:5402498/1‑150 (MQ=255) cTGCAAGTGGTAACCCCTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGACCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCAgg > 2:8760912/1‑150 (MQ=255) 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gggTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCAGGAATTCgg > 1:5835275/1‑150 (MQ=255) gggTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACACCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCAGGAATTCgc > 1:1517737/1‑149 (MQ=255) | AACAGGATGATCCAGGACATGAGTGTGTCTCCATCGTTTGAATGATGGGGCCGTCCCCGGAGTGGTCACGCGGTGCGTCGTGAGGTCGTCCTCACCGTGGGCACCATGGTGCCTGTCTGCGGCCTTGCGGGCAAGACCGCGCCTGCAAGGGGTTACCACTTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTGCTGGCAGAAAACGATTCAGGCCAGCACCTGCATTTCATACCAATCAGACCCCTTGCGGAATCTCTTCACCACCCAGCGCCTCGAACAGCACCGGCAGGAATTCGG > NC_002947/1902045‑1902343 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |